وی در این مدت تا امروز 6 انتصاب در جایگاه ریاست دانشگاه‌های کشور را رقم زد. اولین تغییر وی در روز 9 شهریورماه و با معرفی محمد میرزایی بادیزی به سمت سرپرستی دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته کرمان و دومین انتصاب وی علی تیزرو به ریاست مرکز آموزش عالی لامرد بود.
محمدعلی دهقان به عنوان سرپرست دانشگاه ولی عصر (عج) رفسنجان سومین انتصاب نجفی در بخش ریاست دانشگاه‌ها بود.
پس از این انتصاب، نجفی در حالی که اعلام شده بود گزینه ریاست دانشگاه شریف برای تایید انتخاب به شورا یعالی انقلاب فرهنگی معرفی شده است، برای محمود فتوحی فیروز به عنوان سرپرست دانشگاه صنعتی شریف حکم زد و با این انتصاب که بخشی از مراحل آن در دوران فرجی دانا انجام شده بود، چهارمین انتصاب خود در مدت 20 روزه سرپرستی اش در این وزارت خانه را رقم زد.
در حالیکه فریدون مدیرکل وزارتی وزیر علوم پس از انتصاب فتوحی درباره صدور حکم جدید برای سایر روسای دانشگاه‌های کشور گفته بود که سرپرست دیگری نیست که معرفی شود و تنها مورد مهم دانشگاه صنعتی شریف بود که معرفی شد. نجفی امروز همزمان دو تغییر را در مسند ریاست دانشگاه‌ها ایجاد کرد و با صدور احکام جدا‌گانه‌ای برای خلیل جمشیدی به سمت سرپرستی دانشگاه زنجان و محمود نیلی به سمت سرپرستی دانشگاه صنعتی همدان پنجمین و ششمین تغییرات خود را در این حوزه ایجاد کرد.
با وجود اینکه فرجی دانا در دفاعیات خود در روز استیضاح تعداد تغییرات در سطح ریاست دانشگاه‌ها را در دوران مسئولیت خود 36 عدد اعلام کرد انتظار می‌رود علیرغم ادعای مدیرکل دفتر وزارتی وزارت علوم، انتصابات در دانشگاه‌ها ادامه داشته باشد و باید انتظار انتصابات جدید و تغییرات دیگری در سطح ریاست دانشگاه‌های کشور را از سوی نجفی داشته باشیم.