اظهارات پرحاشیه روحانی، برای مراجع تازگی ندارد. در سالهای اصلاحات هفته ای نبود که مراجع در واکنش به شبهه افکنی های رییس دولت واکنش نشان ندهند. خطبه های آیت الله جوادی آملی و آیت الله مشکینی از مراجع قم و دیگر علما نسبت به شبهه افکنی های هرروزه در دولت اصلاحات را همه به یاد دارند.
واکنش به اظهارات تنش زا پیرامون دین حداکثری و حداقلی، محدود کردن دین و القائات سکولاریستی از جمله رفتارهای مراجع در دوران دوم خرداد بود. در مقابل بیشترین هجمه ها هم از طرف حامیان رییس جمهور به سمت مراجع اتفاق می افتاد.
در دوران احمدی نژاد اما ماجرا متفاوت شد. بدنه اجتماعی مراجع از همراهان و طرفداران احمدی نژاد بودند. آنها در هر دو انتخابات بیشترین اعتماد را به احمدی نژاد داشتند و یکبار با 17 میلیون رای او را از هاشمی رفسنجانی که خود نیز حوزوی بود پیش انداختند و بار دیگر با اختلاف یازده میلیونی نسبت به موسوی او را برگزیدند.
اگرچه برخی تک رفتارهای احمدی نژاد کمی میان او و مراجع فاصله انداخته بود تا آنجا که مراجع وی را به حضور نپذیرند، اما تا زمانی که احمدی نژاد رفتارهای حاشیه دار نداشت مراجع نصیحت ها و تذکرات را علنی نمی کردند.
در ماجرای اجازه حضور زنان در استادیوم اما مراجع موضع گیری صریح کردند. آیت‌الله صافی‌گلپایگانی با مخالفت با این دستور، از این قضیه ابراز ناخرسندی کرد که تذکراتش درباره عفاف و حجاب زنان شنیده نشده است. آیت‌الله مکارم شیرازی در این زمینه گفت: «ایشان باید دقت داشته باشند، مسائل کشور را یک‌شبه با یک تصمیم نمی‌توان حل کرد. در هر مسئله‌ای باید به مشاوران آگاه به آن زمینه مراجعه کرد. آقای رییس‌جمهوری نباید تنها به مشاوران خودشان در این زمینه قناعت کنند.»
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز با صدور اطلاعیه‌ای از نظر مراجع در این‌باره حمایت و از صدور چنین دستوری ابراز تاسف کرد.
نهایتا اگرچه در دولت نسبت به این دستور تجدید نظر شد، اما حاشیه های دولت با مطرح شدن مشایی و پدیده «جریان انحرافی» بیشتر شد. مراجع بازهم مثل دوران اصلاحات درباره انحرافی بودن موضوع «مکتب ایرانی» وارد صحنه شدند و نسبت به اظهارات مشاور رییس جمهور دولت دهم واکنش نشان دادند.
روحانی اما با اخمدی نژاد و خاتمی متفاوت به میدان آمد. وی عضو جامعه روحانیت تهران بود، عضویت در مجلس خبرگان را نیز داشت و به طور دقیق از مواضع و منویات حوزه علمیه آگاهی داشت. وی پیش از انتخابات خود را «فرزند حوزه» خواند و در همه دوران تبلیغات و نیز پس از آن با سفرهای مکرر خود و نمایندگانش به قم، تایید گرفتن از مراجع را برای خود با اهمیت می دانست.
پس از آغاز دولت اما ماجرا متفاوت شد. مراجع در نزدیک 18 ماه گذشته بارها و بارها هشدارهایی خطاب به دولت و عملکرد وزرای روحانی داده اند.تا نهایتا اینکه پس از موضوع «عمل کردن پلیس به قانون و نه به اسلام» این واکنش ها جدی تر شد. با این تفاوت که این بار مخاطب هشدارهای مراجع خود حسن روحانی بود.
روحانی در جمع فرماندهان نیروی انتظامی گفته بود: پلیس موظف به اجرای اسلام نیست، هیچ پلیسی نمی‌تواند بگوید من این کار را کردم، چون خدا گفته است، پلیس یک وظیفه بیشتر ندارد و آن هم اجرای قانون است.
آیت الله نوری همدانی با انتقاد از اظهاراتی که درباره وظایف نیروی انتظامی مطرح شده است و این که پلیس مسؤولیت اجرای قانون را به عهده دارد نه احکام اسلام را گفت: باید به این نکته توجه داشت که اولاً قانون اساسی ما برگرفته از موازین اسلامی است، ثانیاً این که گفته می شود وظیفه نیروی انتظامی اجرای احکام اسلامی نیست، یعنی در جامعه امر به معروف و نهی از منکر نشود؛ در حالی که امر به معروف وظیفه ای همگانی است و همه باید ملزم به اجرای آن باشند.
این مرجع تقلید با اشاره به تصریح رهبر انقاب مبنی بر مسئولیت همگانی در اجرای اسلام تاکید کرد: این سخن که گفته شود نیروی انتظامی مسؤول اجرای احکام اسلامی نیست، سخنی نادرست است و مسؤولان با اظهارات خود نباید به گونه ای در جامعه القا کنند که اسلام و قانون دو مقوله متفاوت است.
آیت الله ناصر مکارم شیرازى نیز صبح دوشنبه در ابتداى درس خارج فقه خود در مسجد اعظم قم به سخنان اخیر رییس جمهور درباره این که پلیس موظف به اجرای قانون است نه اسلام، واکنش نشان داد و گفت : اخیراً یکى از مسؤولان محترم گفته بودند وظیفه نیروى انتظامى اجراى قانون است نه اجراى اسلام؛ این سخن از سه جهت اثر منفى داشت و به هیج وجه مناسب نبود.
آیت الله مکارم شیرازی تاکید کرد: امیدواریم نصیحت دوستانه ما را بپذیرند و بعد از این چنین سخنانى را تکرار نکنند. استاد برجسته درس خارج حوزه علمیه قم یادآورشد: مخصوصاً به سخنان رهبر معظم انقلاب که اخیراً خطاب به نیروى انتظامى فرمودند گوش فرا دهند؛ همان طور که ایشان تاکید کردند حفظ آرامش‌هاى روحى و اخلاقى جامعه مهم‌تر از آرامش جسمانى آنهاست.
آیت الله صافی نیز در واکنش به اظهار نظر رییس جمهور هشدار داد. این مرجع تقلید بزرگ شیعیان در دیدار با مدیر کل بنیاد شهید قم گفت: اینجانب بسیار نگران شدم از اینکه بعضی حرفهایی زده می‌شود که فلان نهاد مثلاً نباید مجری قانون اسلام باشد. این حرف درست نیست و مسئولین ما باید مراقبت بیشتری نمایند که سخنانی زده نشود که باعث نگرانی مردم با ایمان شود.
به نظر می رسد مورد خطاب قرار گرفتن خود روحانی در این تذکرات از اهمیت زیادی برخوردار است چرا که برای اولین بار در این بیست ماه اتفاق می افتاد.
روحانی که تلاش می کند ارتباط تنگاتنگی را با مراجع حفظ کند، با ادامه اظهارات حاشیه دار و سیاستهای فرهنگی خود، پایگاه اجتماعی مراجع را از دست بدهد. اتفاقی که پیشتر برای احمدی نژاد و رییس دولت اصلاحات نیز افتاد.