اما این برنامه با حاشیه‌هایی هم همراه بود.
ـ بلندگوی رحیم یعقوب‌زاده، دبیر ملی جایزه ایسپا، مانند تعدادی از برنامه‌های مشابه، در تمام مدت برنامه خاموش بود و با وجود این‌که چراغ قرمز مربوط به آن روشن بود، رحیمی گزارش خود را با میکروفن خاموش ارائه کرده و باقی قسمت‌های برنامه که با اجرای وی پیش می‌رفت، با میکروفن خاموش انجام شد.
ـ تعدادی از بانوان و کارمندان نیز در این برنامه حضور داشتند که دختر چند ساله یکی از آن‌ها چندبار نظم برنامه را به هم ریخت و در نهایت و پایان برنامه با ورود حجت‌الاسلام عاملی، مادر و دختر جلسه را ترک کردند.
طیبی در ابتدای سخنانش گفت: من مهندس هستم و باید در این جلسه از شما یاد بگیرم، اما همین‌قدر می‌دانم که پیشرفت حاصل یک برنامه‌ریزی صحیح است. باید در گرفتن بازخورد و فیدبک‌ها هم توجه کرد. مسجدجامعی در واکنش به استفاده طیبی از واژه «فیدبک»، به طنز گفت: وقتی از وزارت نفت می‌آیید، همین می‌شود دیگر!
هنگام اعطای الواح تقدیر به 3 پژوهشگر مورد نظر این برنامه نیز، وقتی لوح تقدیر را به دست مسجدجامعی دادند، به شوخی گفت: من فقط سکه‌ها را می‌دهم!