زندان سوم رهبرانقلاب آستانه برگزاری دادگاه

صراط: کتاب شرح اسم در 766 صفحه‌ مشتمل بر دهها سند از ساواک، شهربانی و دادرسی ارتش شاهنشاهی درباره دوران مبارزه و تبعید آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای است که ناگفته‌های فراوان تاریخی را ارائه کرده است.در تالیف این کتاب براتعلی طبرزدی، مرحوم منصور غفوری، مجتبی سلطانی، علی اکبر رنجبر کرمانی و لیلا قدیانی و سیما موسی‌پور به هدایت‌الله بهبودی نویسنده در فیش برداری، گردآوری و بازخوانی اسناد و خاطرات کمک کرده‌اند. ادامه خاطرات را در ذیل می خوانید:

فرزندان صُلبی و کتبی

جمع‌آوری اطلاعات
شاید نامه آقای خامنه‌ای که پس از خروج از گرگان و رسیدن به تهران به پدرش فرستاد و در سانسور پستی به دست ساواک خراسان افتاد، و شاید پی‌گیری پرونده سیدجعفر طباطبایی قمی که برخی از دستگیرشدگان آن پرونده، اسمی مبهم از او (سعید خامنه‌ای / سید خامنه‌ای) برده بودند، موجب شد که اداره کل سوم ساواک از مهرماه در تکاپوی یافتن او باشد. بخش‌نامه‌ای به ساواک‌های کرج، قم، قزوین، اراک، دماوند، ورامین، شهرری، شمیرانات و شعب جنوب غرب، جنوب شرق، شمال غرب و شمال شرق تهران فرستاده، خواسته شد سابقه، نشانی و هر اطلاعی از او دارند، خبر دهند.  غیر از ساواک قم که نوشت «نامبرده... پس از استخلاص از زندان [قزل‌قلعه] تاکنون فعالیت مضره‌ای نداشته و فعلاً در قم نیست،»  بقیه اظهار بی‌اطلاعی کردند و نوشتند که سابقه‌ای از فرد یادشده در این ساواک وجود ندارد. این که چرا اداره کل سوم ساواک، پی‌گردهای خود را محدود به تهران و شهرهای اطراف آن نمود، چه بسا مربوط به خبرهایی باشد که نشان از حضور آقای خامنه‌ای در تهران می‌کرد. او در نامه‌ای که پس از خروج از گرگان به پدرش فرستاد خبر داد که در تهران است و سری هم به قم خواهد زد.
پرونده سیدجعفر طباطبایی قمی اما، که یکی از پنج نفر متهم «به طبع و نشر اعلامیه و تحریک مردم به جنگ و قتال و توهین به رئیس مملکت» بود، بسیار قطور شده بود. این پرونده تا اواسط تیرماه 43 به 103 برگ رسیده بود. چنان که در مقاطع پیشین اشاره شد، از ماجرای تصویب‌نامه لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی تا آستانه ماه محرم، عمده فعالیت سیاسی آقای خامنه‌ای و هم‌قطاران فکری او چاپ و توزیع اعلامیه بود. این اعلامیه‌ها از نامه‌ها و اطلاعیه‌های امام خمینی تا تشویق افسران ارتش به قیام و شورش را شامل می‌شد. اعلامیه‌ها در قم تولید و در تهران توزیع می‌شد. چندی بعد سیدجعفر قمی اقدام به نشر جریده فریاد کرد که مواضع بسیار تندی علیه شاه داشت. در این اوان، انگار که کارشان بالا گرفته باشد، سیدجعفر پیشنهاد خرید دستگاه تکثیر را داد و گفت که یکی را در تهران سراغ دارد. «مال یک شیخی... بود... نمی‌دانم چه سِِرّی بود به آقاجعفر نمی‌فروخت و بایستی کس دیگری ضمانت می‌کرد یا دخالت می‌کرد یا برای پوشش بود. به هر حال من و آقاجعفر رفتیم پیش او و من معرفی شدم به عنوان خریدار و آن را خریدیم... پلی‌کپی مال خود آن شیخ هم نبود؛ مال کس دیگری بود... آن شخص خودش جزو کسانی بود که از ایران خارج شده بود و متواری بود... [سیدجعفر] با آن نشریه فریاد را [منتشر می‌کرد] ... خودش می‌نوشت، خودش تایپ می‌کرد؛ روی این کاغذی‌های استنسیل. خودش هم آن را می‌گذاشت توی ماشین [تکثیر]. بعدها کمک پیدا کرده بود... پیراهن‌فروشی بود نزدیک مدرسه مروی، آقای مهدی صداقت [= محمدمهدی نعمتی]، و یکی هم آقای مشکینی که عرب بود. نمی‌دانم [شاید] از معاودین بود؛ و آقای رضا اصفهانی... بعد روزنامه گیر افتاد» و تعدادی از دست‌اندرکاران را که نتوانستند فرار کنند، دستگیر کردند. شیخ دستگیر شده، اطلاعات درخواستی را در اختیار مقامات ذی‌ربط قرار داد و از آن به بعد سیدعلی در مظان اتهام خرید دستگاه و تحت تعقیب قرار گرفت. فروشنده دستگاه تکثیر، نام درست او را نمی‌دانست و با تردید از سیدخامنه‌ای یا سعید خامنه‌ای یاد کرده بود؛ از این رو رنگ اتهام آقای خامنه‌ای به غلظت سیدجعفر قمی نبود؛ هر چند نامش در کنار دیگر متهمان ردیف شده بود.
در نامه سپهبد مرتضی خسروانی، رئیس اداره دادرسی ارتش، نام متهمان چنین ذکر شده است:
«1- شیخ‌ محمدعلی فرزند علی‌اصغر شهرت صادق تهرانی (معروف به صادقی یا امیرصادقی)
2- سیدجعفر فرزند سیدحسین شهرت طباطبایی قمی (متواری است)
3- سیدخامنه‌ای (متواری است)
4- طلبه قمی (متواری است)
5- محمدمهدی فرزند رضا شهرت نعمتی (پیراهن فروش).»
وی در این نامه، از ساواک خواست در «تعقیب سایر متهمین که پرونده به نامشان مفتوح مانده است اقدامات قانونی معمول دارند.»
در این زمان دستگاه امنیتی پیش از آن که خواستار دستگیری آقای خامنه‌ای باشد، درصدد جمع‌آوری اطلاعات درباره او بود، چرا که احتمالاً در تطبیق هویت او با «سیدخامنه‌ای» تردید داشت. حتی استعلام از ساواک بلوچستان و سیستان نیز غیر از ارسال اطلاعات شناسنامه‌ای و اشاره به هشت برگ پرونده‌ای که در دوازدهم بهمن 1343 همراه آقای خامنه‌ای به تهران فرستاده شده بود، به آگاهی‌ها نیفزود.  وی پس از دستگیری در زاهدان، روز یادشده با هواپیما به تهران منتقل و در قزل قلعه زندانی شده بود.
سیدجعفر قمی که با چهره و لباس مبدل فراری بود، با اسم مستعار علی حائری، گاه در تهران و گاه در مشهد، از چشم مأموران ساواک، پنهان بسر می‌برد.

تدریس
بیش از یک سال از بازگشتش به مشهد می‌گذشت. ادامه درس‌آموزی و ممارست با منابع فقه و اصول، تدریس و مباحثات علمی با پدر، پس از استقرار در مشهد آغاز شد. آقای خامنه‌ای در درس خارج آیت‌الله میلانی حاضر می‌شد و در شمار آن دسته از فضلایی بود که در ماه یک صد تومان شهریه می‌گرفت. شهریه‌ها بر مبنای درجه علمی و اهتمام در تدریس کم و زیاد می‌شد. آقای میلانی «ماهی 50 تومان به طلاب فاضل درس خودش می‌داد و بعدها این برای طلاب فاضلی که تدریس هم می‌‌کردند شد 100 تومان.»
آقای خامنه‌ای از نظر استادش، مدرسی فاضل بود که بایست بالاترین شهریه را بگیرد. او تا سال 1349ش همچنان به درس‌آموزی دوره خارج فقه و اصول ادامه داد. عمده تدریس او در مدرسه نواب بود. کفایه، رسائل و مکاسب را به طلاب علوم دینی درس می‌داد. برخی عادات تدریس را از پدر به یاد داشت و آن را نیک می‌پنداشت. هر روز از طلبه‌ها درس روز قبل را می‌پرسید؛ نه از همه. گاه تا هشتاد نفر پای درس او می‌نشستند و می‌نوشتند. هر روز از زبان دو یا سه طلبه درس گفته شده را مرور می‌کرد. تدریس او در مشهد از اواخر 1344ش تا سال 1356 که به ایرانشهر تبعید شد هرگز قطع نگردید؛ مگر تیغ زندانها که رشته تدریس را هر از گاه می‌برید.
درس مکاسب او، گاه تا 120 شاگرد را گرد خود می‌آورد؛ از حلقه‌های علمی معروف و بزرگ مشهد بود. «رسائل هم همین‌طور. من تا وقتی که رسائل می‌گفتم از 16-15 نفر و 20 نفر شروع شده بود که بعد [افزایش یافت]... کفایه مثلاً درس می‌گفتم برای 20 نفر 30 نفر و 40 نفر. کتب درسی سطوح بالا را درس می‌گفتم.»

نخستین فرزند
در این اوان همسرش باردار و نخستین فرزندشان در آستانه تولد بود. همه چیز برای شنیدن صدای سلامتی نوزاد فراهم بود، جز پول. چه باید می‌کرد؟ تکیه‌ای جز ماهیانه‌های آقای میلانی نداشت. او هر ماه یکصد تومان که میان پاکتی جای داده شده بود دریافت می‌کرد، نه بیشتر. مقسم «بنده را پیدا می‌کرد؛ کنار خیابان، و با لحن خیلی محترمانه می‌گفت آقا تشریف بیاورید این کنار. پاکت‌ها را از جیبش درمی‌آورد و می‌گشت؛ پاکتی را [که اسم من پشت آن نوشته شده بود] پیدا می‌کرد و می‌داد. این نوع، تقسیم پول ... محترمانه‌ای بود که دیگران چنین تقسیمی نداشتند و آقای میلانی داشت.»
اندیشید به سراغ مقسم برود و موضوع را با او که همسایه خانه پدری و دوست بود در میان بگذارد؛ بگوید وضع حمل همسرش نزدیک است و امکان دارد هر آن پول لازم شود؛ تقاضا کند شهریه‌ای که قرار است ده روز دیگر به دستش برسد، اینک بدهد؛ بخواهد شهریه یک ماه آینده را هم به آن بیفزاید تا همه را برای شنیدن صدای قلب دوم همسرش پیش‌خور کند. مقسم پاسخی داد که جنبه رسمی داشت تا عاطفی: شهریه این ماه هنوز به دستم نرسیده است. برای گرفتن شهریه ماه دیگر خودتان به آقای میلانی مراجعه کنید؛ اگر موافقت کرد، دستخط بدهد، شهریه آن ماه را هم خواهید گرفت. «من به شدت خشمگین شدم از این حرف. ناراحت شدم و دیگر... به ایشان مراجعه نکردم... [با خود گفتم] نه به آقای میلانی چیزی می‌نویسم و نه شهریه را می‌خواهم.»
آقای خامنه‌ای [احتمالاً] سراغ دادرس زمینی خود را گرفت؛‌ مادر. «یا شاید از یکی از دوستان قرض گرفتم.» سیدمصطفی به دنیا آمد و صدایش گوش پدر و مادر را نواخت.
چند روز بعد، وقتی مقسم برای تقدیم شهریه به سراغ آقای خامنه‌ای آمد، نگرفت. اصرار کرد، نگرفت. این قهرمالی مدتی ادامه یافت.

دومین مولود
مصطفی تنها مولود این خانواده نبود. در سال 1344ش آقای خامنه‌ای ترجمه کتاب المستقبل لهذا الدین اثر سیدقطب را هم به پایان رساند و آن را به زمین گذاشت. عنوان آن را چنین ترجمه کرد: آینده در قلمرو اسلام.
او بیشتر ماه‌های سال 1344 را در آسودگی از تعقیب شهربانی و ساواک گذراند. هر چند مکاتبات فراوانی در نیمه دوم سال 43 برای یافتن او و جمع‌آوری اطلاعات تازه از فعالیت‌هایش میان شعب گوناگون ساواک انجام گرفت، اما نامه‌ای که مدیرکل اداره سوم به ریاست ساواک استان مرکز در اردیبهشت سال 44 فرستاد و نوشت که «اداره دادرسی ارتش درباره نامبرده بالا به علت فقد دلیل کافی قرار منع پی‌گرد صادر و قطعیت آن اعلام گردیده است» موجب شد که بی‌مزاحمت عوامل بیرونی در کار ترجمه المستقبل لهذا الدین باشد. البته او از رصد مأموران مشهد دور نبود. رفت و آمدها به خانه آیت‌الله میلانی، به واسطه مأمور مخفی مستقر در آن‌جا، به روز، ساعت و دقیقه گزارش می‌شد. برای نمونه رکن 2 لشکر خراسان در سوم فروردین 44 در میان تهیه فهرستی از آمد و شدها به خانه آقای میلانی نوشت که «ساعت 1630 سیدمحمدعلی میلانی [پسر آیت‌الله میلانی] از منزل خارج و به اتفاق خامنه‌ای به وسیله تاکسی به فرودگاه عزیمت. خامنه‌ای با هواپیما به تهران رفت و سیدمحمدعلی به منزل مراجعت نمود.» و یا در بیست‌وپنجم همین ماه ضمن اشاره به این که «ساعت 1040 سیدخامنه‌ای وارد و ساعت 1140 خارج گردید» آمده است که «ساعت 2100 روز جاری در مدرسه علمیه نواب یک برگ اعلامیه تحت عنوان سومین بهار و به امضاء حوزه علمیه قم به دیوار مشاهده و چند نفر طلبه مشغول مطالعه آن بودند. اعلامیه مزبور وسیله مأمورین از دیوار کنده شده ... است.» در گزارش روز نوزدهم اردیبهشت 44 نوشته شده که «غلامرضا رئیس‌زاده اهل اراک در حالی که یک کیف مشکی بزرگی به دست داشت به منزل میلانی وارد و ساعت 0855 از منزل خارج، پیاده به خیابان خسروی‌نو، کوچه نصرت‌الملک، منزل سیدخامنه‌ای رفت. پاسبان مأمور منزل میلانی به اطلاعات شهربانی تلفن نمود. پس از خروج از منزل مزبور جلو فلکه دقیقی که سیدخامنه‌ای نیز همراهش بود، وسیله مأمورین شهربانی جلب و با ماشین سواری به شهربانی اعزام شد.»
آقای خامنه‌ای زمانی ترجمه المستقبل لهذا الدین را تمام کرد که سیدقطب زندانی بود، اما افکارش از مرزهای مصر عبور کرده، به بسیاری از کشورهای اسلامی رسیده بود. کدام ویژگی‌های فکری سیدقطب موجب شد که یک روحانی 26 ساله در شمال شرق ایران، دست به ترجمه اندیشه‌های متفکری مصری بزند؟ اول این که سیدقطب از اسلامی دم می‌زد که سر و کارش با اجتماع و سیاست بود. او به حاکمیت سیاسی اسلام اعتقاد داشت و آینده را در قلمرو آن می‌دید. او جهان غرب، و قلب تپنده آن، آمریکا را دیده بود و با شناختی که از کشورهای اسلامی داشت، می‌دانست تیغه‌های آخته فرهنگ غرب، در حال فرود بر ریشه‌های اعتقادی مسلمانان است. سیدقطب، ستیز با غرب را یکی از زمینه‌های ایجاد حکومت اسلامی برمی‌شمرد. این جمله از اوست: «حیات غرب بدون شک هم لذیذتر است و هم راحت‌تر، ولی از نظر انسانیت بهتر، والاتر و گرامی‌تر نیست... در غرب هیچ قیدی نیست و این را آزادی می‌نامند... بله، آزادی است، اما نه آزادی روح، بلکه آزادی بدن؛ آزادی حیوانیت، نه آزادی انسانیت.»
سیدقطب همان‌ اندازه به ستیز با غرب مؤمن بود که به مبارزه با کمونیسم اعتقاد داشت. او فهمیده بود که روی خوش جهان غرب به اسلام در حد مخالفتش با کمونیسم و جلوگیری از نفوذ آن در کشورهای مسلمان است. و نیز: «آنها اسلامی نمی‌خواهند که حکومت کند و اصولاً تحمل حکومت اسلامی را ندارند، چرا که وقتی اسلام حکومت یافت، امتی دیگر تربیت و ایجاد می‌کند و به ملت‌ها می‌آموزد که تهیه قدرت و قوه واجب است و طرد و نفی استعمار فرض است و کمونیست هم مانند استعمار آفتی است و هر دو دشمن هستند و تجاوزکار.» سیدقطب هشدارهای جدی نسبت به صهیونیسم داشت. هر کجا دعوتی علیه اخلاق انجام می‌گرفت، هر جا جنگی علیه صلح رخ می‌نمود، دست صهیونیسم را دخیل می‌دانست. و در نهایت جایی نوشت: «شکی نیست علی‌رغم این دشمنی‌ها و کارشکنی‌ها، آینده در قلمرو اسلام است و ما اینک جهادی طولانی، دشوار و پرخطر داریم. این جهاد برای نجات فطرت از لابه‌لای انبوه ابرهای تیره و پیروز ساختن آن بر تیرگی‌هاست. باید برای این جهاد مجهز شویم و قوای فراوان آماده سازیم. تجهیزات لازم برای این جهاد فقط یک چیز است: آشنایی کامل با حقایق اسلام و فراگرفتن دین در سطح عالی آن.»
آقای خامنه‌ای پس از پایان ترجمه، مقدمه آن را در فروردین 1345 نوشت. وی در این مقدمه از ضرورت نمایاندن اسلام با شکل نو، آن هم در زمانی که اندیشه‌های جدید فریبنده در حال ربودن غرایز نوطلب هستند سخن گفت و نوشت که هر چند جای تردید نیست که اسلام بر اورنگ حکمرانی جهان خواهد نشست، اما این باور نباید منجر به سهل‌انگاری ما شود؛ جاری بودن مظاهر دین میان مسلمانان، دلیل کافی برای شناخت آن نیست؛ اکتفا به مقررات شخصی و بی‌خبر ماندن از برنامه اسلام برای همه شئون زندگی، همانا نشناختن این دین آسمانی است. در ادامه، موضوع استعمار و دست‌اندازی‌های غاصبانه کشورهای استعماری به ممالک شرقی را تبیین کرد. این قدرت‌ها با سرکوب نیروهای معنوی در کشورهای مسلمان که ممکن است بسان حربه‌ای علیه منافع آنان به کار آید، زمینه حضور خود را تضمین می‌کنند. او نوشت: «در کشورهای اسلامی شرق این نیروی معنوی چیزی جز اسلام نبود، زیرا اسلام با تعلیمات خاصی به مسلمانان تلقین می‌کند که از همه امت‌ها و جمعیت‌ها برتر و بالاترند؛ آنان را حزب خدا می‌نامد و حزب خدا را تنها حزب پیروزمند و رستگار معرفی می‌کند؛‌ و به آنان می‌آموزد که در برابر دشمنان خارجی شخصیت و استقلال خود را از دست ندهند و از اظهار ضعف و زبونی در برابر دشمنان بپرهیزند؛ و نوید می‌دهد که آخرین امت و در دست‌گیرنده سرنوشت جهان و جهانیان‌اند. و همچنین با احکام انقلابی و محرکی همچون وجوب امر به معروف و نهی از منکر و وجوب همبستگی و اتحاد، و ممنوعیت کمک به دشمنان دین و لزوم شدت و خشونت در برابر آنها، دشمنی بزرگ و آشتی‌ناپذیر برای استعمارگران بود و نقشه‌های آنها را نقش بر آب می‌ساخت. لذا طبیعی بود که درصدد برآیند این نیروی معنوی را از ملل شرقی سلب کنند و این سلاح بُرنده را از آنان بستانند.»
آقای خامنه‌ای در ادامه، دین فرمایشی و تشریفاتی را، دین مورد علاقه استعمارگران توصیف ‌کرد؛ دینی میان‌تهی که ابزاری برای پیشبرد مقاصد آنان است. این توضیحات نشان می‌دهد که مترجم، اصول اندیشه سیدقطب را با آن چه که پس از آغاز نهضت آیت‌الله خمینی در تفکر یاران و طرفداران او به بار نشسته بود، همسو می‌دانست. از مقدمه چنین برمی‌آید که او شمار دیگری از کتاب‌های سیدقطب را نیز از نظر گذرانده، کاملاً با دیدگاه متفکر مصری نسبت به اسلام آشنا بود.
آقای خامنه‌ای در پایان مقدمه توضیحی کوتاه از شیوه ترجمه خود نیز ارائه کرد و ضمن تأکید بر حذف نشدن بخشی از کتاب، نوشت که برای ارائه یک متن روان از ترجمه کلمه به کلمه و گاه جمله به جمله، جهت گریز از اغلاق یا ادا نشدن روح سخن اجتناب کرده است.
چه تفکرات نویسنده در متن کتاب و چه آراء مترجم در مقدمه و برخی پاورقی‌ها، در عرض فضایی بود که نیمه دهة چهل شمسی ایران در آن سپری می‌شد.

انتشارات سپیده
در اوایل سال 1344ش آقای خامنه‌ای در تأسیس یک بنگاه انتشاراتی مشارکت کرد که به گفته مدیرعامل آن، محسن محسنیان، وی رئیس هیأت مدیره آن بود. بنا نبود این مؤسسه، پنهانی فعالیت کند، از این رو اساسنامه‌ای در 43 ماده برای آن تدوین شد و تحت عنوان شرکت سهامی انتشارات سپیده،‌ با شماره 541 در تاریخ 9/2/1344 در دفتر ثبت شرکت‌ها به ثبت رسید و رسمیت یافت.
شرکت از طریق فروش سهام پاگرفت. قبض‌هایی که هر یک یکصد ریال قیمت داشت تهیه شد و به فروش رسید. سهام‌داران با تشکیل مجمع عمومی، هیأت مدیره، مدیرعامل و بازرسان را انتخاب کردند.
در اساسنامه، نام هیأت مدیره، بازرسان و هیأت نظار چنین یاد شده است: سیدعلی خامنه‌ای، محسن محسنیان، حاج‌کاظم تدین، ابراهیم شایسته، حاج‌عبدالرضا غنیان، حاج‌علی طوسی، غلامرضا قدسی، احمد طوسی، حسن قاسمی، حاج‌محمدابراهیم یزدانیان، قاسم سروی‌ها، محمود اکبرزاده.
و نیز ماده دوم اساسنامه می‌گفت: موضوع شرکت، نشر کتب و مجلات مفید علمی، تربیتی، اخلاقی، اجتماعی، دینی و انجام کلیه امور مربوط به آن از قبیل دایر کردن چاپ‌خانه، ایجاد کتاب‌فروشی، برابر قانون تجارت باید عمل شود.
انتشارات سپیده به مرور اقدام به چاپ چند کتاب کرد. فایده و لزوم دین ، اثر محمدتقی شریعتی؛ کنگره اسلامی حج نوشته علی گلزاده غفوری؛ ولایت و زعامت اثر علامه طباطبایی؛ و چهارمین کتاب آینده در قلمرو اسلام بود.  غیر از کتاب اخیر، بقیه تجدید چاپ بودند. خبرچین‌های ساواک از تأسیس انتشارات سپیده باخبر بودند و می‌کوشیدند از نشست‌های هفتگی آن گزارش تهیه کنند. از آن‌جا که شرکت‌کننده‌ها در جلسه‌ها از حضور افراد نامحرم در بین خود جلوگیری می‌کردند، خبرهای تهیه شده از آن نشست‌ها، کم و غیرمستقیم بود. برای ساواک روشن بود که سیدعلی خامنه‌ای، محسن محسنیان، غلامرضا قدسی، کاظم تدین و محمود اکبرزاده از افراد شرکت‌کننده در جلسه‌های هفتگی هستند که درباره مسائل مختلف اجتماعی گفت‌وگو می‌کنند. گزارشگر ساواک متوجه شده بود که انتشارات سپیده «به وسیله آقایان پرویز خرسند دانشجوی سال اول رشته ادبیات فارسی دانشکده ادبیات مشهد و آقای ناصر بازرگان دانشجوی سال اول رشته تاریخ و جغرافیا و آقای سعید پایان دیپلمه بی‌کار با دانشجویان و دانش‌آموزان تماس برقرار می‌کنند و به عنوان چاپ و انتشار رساله‌های دانشجویان و یا خواستن کتاب‌های مورد نظر آنها از طهران و طرق دیگر دانشجویان و دانش‌آموزان را به سوی خود و مؤسسه جلب می‌کنند.»  غیر از این دریافته بودند که این گروه با دار و دسته مهندس سجادی [= انجمن حجتیه] دچار اختلاف است؛ چرا که سیدحسین سجادی و همفکرانش از تشویق جوانان به مبارزه با حکومت خودداری می‌کنند. چهارمین کتاب چاپ شده در انتشارات سپیده، آخرین آن هم بود؛ آینده در قلمرو اسلام در شمار کتاب‌های مضره شناخته شد و ضمن جمع‌آوری، دست‌اندرکاران آن نیز دستگیر شدند؛ یکی از آنها سیدعلی خامنه‌ای بود.
پی‌آمدهای کشف اساسنامه
در پی تهیه اعلامیه‌ای در حمایت از امام خمینی در قم که بنا بود هنگام تحویل سال 1345ش در این شهر پخش شود، تعدادی از طلاب دستگیر و متعاقباً در دهم فروردین ماه آقایان حسینعلی منتظری، علی حجتی کرمانی، عبدالرحیم ربانی شیرازی و احمد آذری قمی که در مظان تهیه این اعلامیه بودند بازداشت شدند. جست‌وجوها از افراد دستگیر شده به خانه‌های ایشان رسید و از منزل آقای آذری قمی اساسنامه‌ای که در شش صفحه دستنویس تهیه شده بود، به دست ساواک افتاد. این اساسنامه برای دستگاه امنیتی بسیار بااهمیت جلوه کرد، چرا که در آن ساز و کار یک تشکیلات عمل‌گرای سیاسی و مبتنی بر «اجرای تعالیم دین اسلام و کتاب مقدس قرآن و سیره پیشوایان» پیش‌بینی شده بود. این همان تشکیلات سری بود که در پاییز 1342 توسط یازده تن از روحانیان پیشرو قم تأسیس شده بود. موضوع به اندازه‌ای مهم بود که گزارش آن برای محمدرضا پهلوی ارسال گردید. «طرح یک تشکیلات عظیم بود که بتواند کلیه تلاش‌های مبارزه را در یک جهت و در یک خط قرار بدهد. اساسنامه‌ای هم نوشته بودیم و حق عضویت می‌پرداختیم و هر کدام هم کاری را بر عهده داشتیم.»
موادی از اساسنامه که موضوع را در نظر دستگاه امنیتی مهم جلوه داد اینها بود: «ماده 19- نام اعضاء جمعیت در دفاتر، رمزی بوده و هر سازمان یا شعبه‌ای فقط افراد خود را خواهد شناخت. ماده 20- هر سازمان و شعبه، رمز مخصوص به خود داشته و مسئول کشف آن خواهد بود. ماده 21- هیچ‌یک از واحدها مجاز به همکاری و پیوستگی به واحد دیگر (اگر بشناسند) نیستند، مگر به دستورهای خاص مافوق. ماده 24- حق عضویت ماهیانه 50 ریال و برای اعضاء شورا و رؤسای سازمان‌ها و شعب یکصد ریال است. ماده 32- تحصیل وجوه به وسیله تحصیلداری و به طور مخفی خواهد بود (رجوع به سازمان اطلاعات). ماده 33- نام اعضاء در تمام دفاتر مستعار خواهد بود و به جز تحصیلدار و رئیس شعبه از آن اطلاعی نخواهد داشت. بند 1 ماده 37- دایره انتشارات جمعیت مواد نشریه علنی یا مخفی (فارسی – خارجی) جمعیت را تهیه می‌نماید. بند 2 ماده 37- دایره تبلیغات رادیویی، ناشر افکار جمعیت از راه فرستنده رادیو.»
این مواد در کنار سازمان‌بندی تشکیلات که از شورای عالی مؤسسان گرفته تا سازمان اطلاعات و ارتباطات، و از شعبه امور مالی گرفته تا دایره مستشاری و دادگاه را دربر می‌گرفت، ساواک را به این نتیجه رساند که همه چیز حکایت از یک جمعیت مخفی می‌کند.
نظر ساواک آن بود که برای پی بردن به ماهیت حقیقی تشکیلات، از کسانی چون علی مشکینی، مهدی حائری تهرانی، علی قدوسی، محمدتقی مصباح‌یزدی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سیدعلی خامنه‌ای، سیدمحمد خامنه‌ای و ابراهیم امینی تحقیق شود. آن‌چه نعمت‌الله نصیری، رئیس ساواک، در حاشیه این گزارش نوشت، احتمالاً همان دستوری بود که شاه به وی ابلاغ کرده بود؛ «ضمن مذاکره با دادستانی ارتش اگر قابل تعقیب می‌باشند و می‌توان محکومیتی طبق قانون برای آنها در نظر گرفت تحت تعقیب قرار گیرند. اگر مدارکی برای تعقیب آنها وجود ندارد، رئیس ساواک قم احضار و بررسی نمایند؛ یکی دو نفر آنها گرفته و تحت بازجویی قرار گرفته و ضمن تهدید از رفتن به قم منع شوند و بقیه باید از قم متفرق گردند.»
ساواک دست به کار شد. بازجویان این سازمان تا توانستند آقای آذری قمی را تکاندند تا اطلاعاتی از تشکیلات یادشده روی صفحه بازجویی بریزد. از جمله پرسشها این بود: «مبنای آشنایی و روابط خود را با آقای علی خامنه‌ای مشروحاً مرقوم نمایید؟» شرح آقای آذری قمی چنین بود: «اصل آشنایی ما با آقای علی خامنه‌ای در حدود ده سال قبل که به مشهد مشرف شدم انجام شد. ایشان با آقای سیدجعفر [شبیری] زنجانی که در قم نزد من درس خوانده بود آشنا بودند و روی زمینه رفاقت و آشنایی ایشان ما هم آشنا شدیم. پس از چند روز که از مشهد برگشتم ایشان را ندیدم. تا چند سال قبل که ایشان برای ادامه تحصیل به قم مسافرت کرد. روی همان آشنایی سابق مشهد به دیدن ایشان رفتم و پس از آن روابط آشنایی ما بیشتر در دید و بازدید که احیاناً در حجره ایشان صورت می‌گرفت یا ایشان به مجلس روضه که شب‌های جمعه در منزل اینجانب تشکیل می‌شده و می‌شود، گاه‌گاهی شرکت می‌کرد.»
اما پرسش اصلی درباره اساسنامه تشکیلات بود که توسط آقای خامنه‌ای به دست آقای آذری قمی رسیده بود: «اساسنامه را آقای علی خامنه‌ای به من دادند و هیچ اظهاری در مورد این که زاییده فکر چه کسانی است ننمودند. بنابراین من اطلاعی از به وجود آورنده اساسنامه ندارم و نمی‌دانم به چه افراد و جمعیتی ارتباط داشته است.»
هر چند آقای آذری قمی از دادن پاسخ سرراست طفره رفت، اما ساواک ول‌کن نبود و به دنبال صاحب دست‌خطی می‌گشت که اساسنامه را نگاشته است. ناصر مقدم، رئیس اداره کل سوم، با ارسال تلگرامی به ساواک خراسان خواست «به نحو مقتضی و غیرمحسوس نمونه‌ای از خط سیدمحمد و سیدعلی خامنه‌، طلبه ساکن مشهد را با قلم اخذ و فوراً ارسال دارند.»  نامه محرمانه و خیلی فوری بود. ساواک خراسان یک روز بعد، شاید با ارسال برگه‌های بازجویی‌ که در خرداد 1342 از آقای خامنه‌ای گرفته بود، به این درخواست پاسخ داد و نوشت که دست‌خط سیدمحمد خامنه‌ای نیز متعاقباً فرستاده می‌شود.
دست‌خط اساسنامه با خط آقای خامنه‌ای یکی نبود. بخیر گذشت یا نه، زندگی مخفی سیدعلی خامنه‌ای شروع شده بود. او از سیر پی‌گیری‌های ساواک درباره اساسنامه بی‌خبر بود، اما از مشهد خبر داده بودند که کتاب آینده در قلمرو اسلام توقیف شده و دنبال او می‌گردند؛ کتابی که به قلم او ترجمه شده، با مقدمه و پاورقی‌هایی که بر آن نگاشته بود، حساسیت و عصبانیت حکومت را برانگیخته بود.

سیاحت ناتمام
آقای خامنه‌ای فروردین 1345 به همراه همسر، مادر همسر و نوزاد چهل‌‌روزه‌اش، مشهد را به قصد تهران ترک کرد. رفتند برای گردش. از تهران به قم، از آنجا به اصفهان و باز به تهران بازگشتند. در یکی از میهمان‌پذیرهای تهران بود که خبر توقیف کتاب را در چاپ‌خانه خراسان و دستگیری مدیر انتشارات سپیده را دریافت کرد. موضوع را با همسر و مادرزنش در میان گذاشت. پیشنهاد داد به مشهد بازگردند، اوضاع را از نزدیک بسنجند، اگر مناسب بود، او هم به مشهد بازگردد. پذیرفتند. چند روز پس از بازگشت خانواده، یکی از دوستان به اقامتگاهش آمد. او پنجاه نسخه از کتاب آینده در قلمرو اسلام را به همراه داشت. یکصد نسخه از کتاب دور از دستان مأموران ساواک پنهان مانده بود. «از دیدن کتاب بسیار شادمان شدم، زیرا اولین اثری بود که از من به چاپ رسیده بود. چاپ آن هم بسیار دلپذیر و طرح روی جلد آن نیز بسیار جالب بود. چند نسخه از آن را به دوستان هدیه نمودم و بقیه را نزد یکی از خویشاوندان به ودیعت نهادم و گفتم که این کتاب از کتب ممنوعه و خطرآفرین است.»
چند روز بعد، یکی از دوستانش از او دعوت کرد در جایی که قرار است در آن مسجدی ساخته شود، نماز جماعت اقامه کند. ماه محرم نزدیک بود و بنیانگذاران مسجد تمایل داشتند به این مناسبت مراسم عزاداری آن سال را برگزار کنند. آن محل با ورقه‌های آهنی دیوارکشی شده، چادری هم بر سقف آن کشیده بودند. پذیرفت. چهارم اردیبهشت 1345/ اول محرم 1386 امامت جماعت را در آن مکان به عهده گرفت. بعد از نماز هم به منبر می‌رفت و سخنرانی می‌کرد. برای دهه‌های دوم و سوم محرم از خطیبان دیگری دعوت کرد. آن سال، ساکنین ضلع غربی دانشگاه تهران و اهالی خیابان نصرت شرقی، در مکانی شاهد آن مراسم بودند که بعدها نام مسجد امیرالمؤمنین به خود گرفت.

نشست فراریان
آقای خامنه‌ای در گذر از خیابان شاهرضا [انقلاب اسلامی فعلی] تصادفاً در نگاه آقای اکبر هاشمی رفسنجانی نشست. آقای هاشمی سوار بر اتوبوس شرکت واحد، دیده بود که دوستش با خیالی آسوده، در حال رصد کتاب‌فروشی‌های روبروی دانشگاه تهران است. «یک مرتبه دیدم آقای هاشمی رفسنجانی دارد دوان دوان می‌آید... به من [که] رسید گفت تو همین‌طور صاف صاف راه می‌روی، تو را الآن می‌گیرند. گفتم: چطور مگر؟ قضیه چیست؟ گفت: گروه یازده نفره لو رفته و آقای آذری قمی دستگیر و زندانی شده و ما هم در تهران تحت تعقیب هستیم... نگو ایشان داشته با اتوبوس رد می‌شده، دیده که من دارم بی‌خیال می‌روم. فهمیده که من خبر ندارم که تحت تعقیب هستم. خودش را رسانیده به من که بگوید ما تحت تعقیب هستیم.»
آقای هاشمی راهی مکانی بود که آقایان ابراهیم امینی و علی قدوسی از دیگر اعضای آن تشکیلات با یکدیگر قرار ملاقات داشتند. آقای قدوسی را هر از گاه برای بازجویی می‌بردند و رها می‌کردند. قرار بود خبرهای بازجویی در این ملاقات گفته شود. شده بودند چهار نفر. «تهران به این بزرگی یک اتاق نبود که ما دور هم جمع بشویم و حرف‌هایمان را با هم بزنیم. قرار گذاشته بودند توی مطب دکتر واعظی، خیابان شهباز [17 شهریور فعلی] کوچه روحی... مطبش آنجا بود.»
دکتر واعظی از این قرار ملاقات خبر نداشت. نمی‌دانست چهار روحانی در اتاق انتظارش نشسته‌اند. «به عنوان مریض خواستیم با هم حرف بزنیم دیدیم نمی‌شود جلوی این مریضهایی که مرتب [می‌خواهند] بیایند و بروند [حرف زد.]»
نشد. احساس امنیت نکردند. «عزا گرفتیم که چه کار کنیم؟ کجا برویم؟»
یادشان افتاد که خانه آقای محمدجواد باهنر در همان حدود است؛ کوچه شترداران. دو اتاق، در طبقه دوم خانه‌ای از آن یک روحانی، کرایه کرده بود. در زدند. خانه بود؛ و تنها. به او گفتند خانه را خالی کند؛ حرف مگو دارند. آقای باهنر یکی از اتاق‌ها را با سماور و قند و چای تحویل رفقایش داد و از پله‌ها پایین رفت و در را پشت سرش بست. «بنا کردیم به گپ زدن... آقای قدوسی نقل کرد که... لیست... یازده نفری دست اینهاست... می‌دانند که چه کسانی در این جریان بوده‌اند و دنبال این هستند و جداً هم می‌خواهند بگیرند.»
آقای قدوسی گفت که هنگام بازداشت، فهرست یازده نفره را که اسم سیدعلی خامنه‌ای در ابتدای آن نوشته شده بود به او نشان داده‌اند. «از این خبر به وحشت افتادم و... گفتم احتمال نمی‌دهید که ساواک عمداً آقای قدوسی را آزاد کرده تا او را زیرنظر بگیرد و ارتباطاتش را کشف کند؟ تصور نمی‌کنید ساواک هم‌اکنون در حال مراقبت ما باشد؟»
بازگشت پنهانی به مشهد
یکی از نتایج جلسه این شد که آقای خامنه‌ای خود را مخفی کند. کجا؟ در تهران جایی برای پنهان شدن نداشت. تصمیم گرفت به مشهد بازگردد. به کسی نگفت. سوار اتوبوس شد و رفت. احتمال می‌داد مأموران در مشهد منتظرش باشند. نرسیده به شهر، در ابتدای جاده‌ای که به روستای اَخْلَمَد می‌رفت، پیاده شد. بیش از ده کیلومتر تا رسیدن به روستا فاصله بود. شب بود و باید در تاریکی، بی‌چراغ، آن راه فرعی را پیاده می‌رفت. و رفت. گردنه‌های کوهستانی و سنگلاخ جاده را پشت سر گذاشت. با اخلمد آشنا بود. تابستانها به آن روستای ییلاقی می‌رفت. اهالی آن را می‌شناخت. وقتی رسید، روستا را خالی از سکنه یافت. بهار هنوز به پایان نرسیده بود و مسافران تابستانی راهی روستا نشده بودند. به سراغ یکی از آشنایان رفت. مغازه‌دار بود. یکی دو شب نزد او ماند. نمی‌خواست حضورش در روستا آشکار شود. راهی مشهد شد. شب اول را در خانه پدری گذراند. شب دوم را در منزل پدرزنش سر کرد. خانه مستقلی برای استقرار نداشت. یا صبح‌های زود یا ساعت‌های آخر شب از خانه بیرون می‌آمد. برادرش، سیدمحمد، یکی از آن یازده نفر، در خانه پدری پنهان بود.

زندگی مخفی در تهران
زندگی پنهانی در مشهد حال و روزش را به تنگ آورد و راهی تهران شد. آقایان خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی تصمیم گرفته بودند خانه‌ای کرایه کرده در تهران بمانند؛ جایی دور از مشهد و قم. «با هم، هم‌خانه شدیم؛ [در خیابان نایب‌السلطنه، کوچه رزاق‌نیا، نزدیک تعمیرگاه پژو] و بچه‌های‌مان را آوردیم.»
آقای خامنه‌ای طبقه بالا می‌نشست. این خانه ماهی 420 تومان کرایه شد، آن هم توسط کسانی که بدترین شرایط مالی را تجربه می‌کردند. صاحب‌خانه لابد آدم منظمی بود که سر ماه برای گرفتن طلب خود حاضر می‌شد. از این کرایه خانه 200 تومان سهم آقای خامنه‌ای بود و 220 تومان سهم آقای هاشمی. «واقعاً مصیبتی بود... چشم که به هم می‌زدی ماه می‌گذشت و 200 تومان من باید می‌دادم. درآمدی نداشتیم. واقعاً سخت بود برایمان. آن وقت‌ها آقای هاشمی هم خیلی وضعش خوب نبود. او هم تقریباً مثل من بود. کمی بهتر از من بود. بارها اتفاق افتاده بود که من 10 تومان از آقای هاشمی قرض کرده بودم. و اتفاق می‌افتاد که او ده تومان از من قرض کرده بود. 10 تومان را آدم برای چی قرض می‌کند؟ پیداست که برای مخارج ناهار و شامش گیر است... منتها، خوب خوشبختانه پیش هم بودیم و این خودش کمکی بود.»

زندان سوم

در تعقیب مترجم
سرتیپ بهرامی، رئیس ساواک خراسان، از خرداد 1345 در پی آقای خامنه‌ای بود. او بیست‌وچهارم همین ماه از شهربانی مشهد خواسته بود مأمورش را به سراغ سیدعلی خامنه‌ای بفرستد و از او بخواهد خودش را به ساواک معرفی کند.  و اما ماجرای کتابی که به تعقیب مترجمش انجامید. همه‌چیز از آنجا آغاز گردید که روز اول خرداد، هنگامی که احمد مجری‌سازان طوسی، یکی از بنیانگذاران انتشارت سپیده، تعدادی از کتاب چاپ شده آینده در قلمرو اسلام را به گاراژ میهن تور مشهد می‌برد که آن را به تهران بفرستد، بازداشت شد. خبر چاپ کتاب کِی به گوش ساواک رسید و بررسی محتوای آن و تشخیص «مضره» بودن آن با چه مراحلی در این سازمان طی شد، که احمد طوسی را سر بزنگاه گرفتند؟ آقای محسنیان قضیه را چنین بازمی‌گوید: «یک روز که برای تحویل گرفتن کتاب به چاپ‌خانه خراسان رفتم، دیدم دو نفر آنجا نشسته‌اند. بعدها متوجه شدم که آنها ساواکی بودند. من 100 جلد کتاب را گرفتم و بیرون آمدم. عصر آن روز احمدآقای طوسی با دو تن از شاگردانش با دو چمدان برای تحویل گرفتن 900 جلد کتاب رفتند. ساواک هم کتاب‌ها و هم آنها را می‌گیرد، اما از آنجایی که من 100 جلد کتاب را همان صبح به تهران فرستادم، تهران هم افست کرد و به تعداد 5 هزار جلد پخش نمود.»
در پی بازجویی‌هایی که احمد طوسی در ساواک پس می‌دهد، وی را به دادسرای ارتش می‌سپارند تا به جرمش رسیدگی شود. همچنین در نامه‌ای که سرتیپ بهرامی، رئیس ساواک خراسان، به لشکر 6 خراسان می‌نویسد، ضمن معرفی کتاب آینده در قلمرو اسلام «که مضره تشخیص داده شده» یادآور می‌شود که این کتاب اثر «سیدقطب و ترجمه سیدعلی خامنه‌ای که از روحانیون افراطی مخالف دولت می‌باشد بوده و مترجم در پاورقی‌ها سعی نموده به کنایه مطالبی اهانت‌آمیز نسبت به مقام شامخ سلطنت و طرفداری از مخالفین حکومت بیان دارد که با مطالعه دقیق و موشکافی مطالب آن به خوبی این مطلب آشکار می‌گردد.» در ادامه این نامه خبر داده می‌شود که مدیرعامل شرکت انتشاراتی سپیده، محسن محسنیان، و سیدعلی خامنه‌ای احضار شده‌اند.
خبر دستگیری و تعقیب‌ها به ساواک تهران نیز ارسال می‌شود و متعاقباً سپهبد نصیری، رئیس ساواک کشور، با ارسال نامه‌ای به وزارت فرهنگ و هنر، کتاب آینده در قلمرو اسلام را حاوی «مطالب خلاف مصلحت» معرفی کرده، می‌خواهد «چنانچه کتاب مورد بحث بدون اخذ مجوز قانونی طبع و نشر گردیده، نسبت به جلوگیری از توزیع آن به هر نحوی که آن وزارت‌خانه مقتضی بدانند اقدام و از نتیجه این سازمان را مستحضر فرمایند.»
دستور جمع‌آوری کتاب در مشهد داده شده بود. شهربانی خراسان از اداره اطلاعات این نیرو نامه‌ای دریافت کرده بود که کتاب یادشده «حاوی مطالب برخلاف مصلحت» معرفی گردیده بود. شهربانی مشهد موظف شده بود تمام کتاب‌خانه‌های شهر، کیوسک‌های روزنامه‌فروشی، کتاب‌فروشان دوره‌گرد و بساط روزنامه‌‌فروشی‌ها را بگردد و هر نسخه‌ای از آینده در قلمرو اسلام دید جمع‌آوری کند.
از جمله نکات کتاب که برای ساواک گران آمد، مطالب صفحه 164 بود: «فی‌المثل اگر دیدیم دستگاه‌های استعماری و استبدادی با برخی از شعائر به اصطلاح دینی نه تنها مخالفتی ابراز نمی‌دارند بلکه تا آنجا که موجب جلب وجهة ملی و مقدور آنان است به آن هم کمک می‌کنند و مثلاً حتی اسب هم برای تعزیه‌خوانی‌ها و شمشیر هم برای قمه‌زنی‌ها می‌فرستند و یا در مراسم جشن‌ها و سوگواری‌های مذهبی با ملت در سرخ و سیاه پوشیدنی‌ها همکاری می‌کنند و در محافل سوگ و شادی شرکت می‌جویند یا خود مجالسی از این قبیل برپا می‌سازند، باید کشف کنیم که این ظواهر و تشریفات یا اساساً از مذهب نیست و یا اگر هست به قدری از واقع و حقیقت دور مانده و منحرف گشته است که نه تنها با نقشه‌های ضددینی این عناصر مخالف مذهب مخالفتی ندارد بلکه حتی مددکار و زمینه‌ساز نقشه‌ها است. و به عکس اگر مشاهده کردیم که همین دستگاه‌ها با آن تظاهرات مزورانه و ریاکارانه و با ادعای خنده‌آور حمایت از دین هر جا با تعلیماتی عمیق و آموزنده مواجه می‌شوند، هر جا جلوه‌ای از تحرک و خروش مذهبی احساس می‌کنند، با زبان و قلم، با اسلحه سرد و گرم و خلاصه با هر وسیله مقدور به مخالفت برمی‌خیزند، زندان‌ها را پر می‌کنند، مردان را از وطن آواره می‌سازند [و... باید بدانیم که دین به حقیقت خود نزدیک شده است.]»
در سال 1345 آینده در قلمرو اسلام تنها کتاب مذهبی توقیف شده نبود. کتاب‌هایی چون پیمان جوانمردان نوشته غلامرضا سعیدی، فلسفه روزه اثر میرسیداحمد روضاتی، زن و آزادی تألیف سیدرضا صدر، اندلس سرزمین خاطره‌ها نوشته سیدعلی محقق، کارنامه سیاه استعمار ترجمه اکبر هاشمی رفسنجانی، کتاب‌های کودک نیل، آینده اسلام، دنیا در خطر سقوط و شیعه و زمامداران خودسر نگاشته‌ها و ترجمه‌های مصطفی زمانی از کتاب‌هایی بودند که از نظر حکومت مضر به حال مردم تلقی می‌شدند و نباید در دسترس قرار می‌گرفتند.
جست‌وجوها برای یافتن آقای خامنه‌ای شروع شده بود. ساواک ابتدا گمان کرد وی در مشهد است اما تظاهر می‌کند که به تهران فرار کرده، خود را از انظار پنهان نموده است. سعید پایان، فروشنده انتشارات سپیده، به شنیده یا به غلط، به ساواک گفته بود که آقای خامنه‌ای در منزل خود است، روزها بیرون نمی‌آید و مشغول ترجمه کتابی از «دکتر احمد شلتوت، رئیس دانشگاه مصر» [= شیخ‌محمود شلتوت رئیس دانشگاه الازهر] است. همچنین به اطلاع ساواک خراسان رسید که نسخه‌هایی از این کتاب برای سیدمحمد خامنه‌ای به قم فرستاده شده تا وی کتاب را در آن شهر منتشر کند و «متهمین در مشهد بتوانند به استناد آن که اگر [کتاب] مضره بود چرا در سایر نقاط چاپ و توزیع شده است، خود را تبرئه نمایند.»
دستگاه امنیتی برای این که شناسایی آقای خامنه‌ای را برای مأموران آسانتر کند، دو قطعه عکس او را به شهربانی فرستاد و تأکید کرد که پرونده او در دادگاه نظامی در جریان رسیدگی است و باید بازداشت و به ساواک تحویل گردد.  اما این عکس‌ها دردی از ناتوانی شهربانی در یافتن او درمان نکرد، چرا که شباهتی به آقای خامنه‌ای نداشت؛ بدون عمامه، با ته‌ریش و عینکی که شیشه‌های ضدآفتاب داشت.
مأموران شهربانی پس از تکاپوی فراوان به این نتیجه رسیدند که وی در مشهد دیده نشده است. یکی از گزارش‌ها می‌گفت که در روستای اخلمد است. با این حال متوجه شدند که زن و فرزند او در خانه شیخ‌علی تهرانی، شوهرخواهرش، واقع در خیابان خسروی نو، کوچه مستشاری ساکن هستند «و مخارج آنها را پدر سیدعلی تأمین می‌نماید.» ، اما از خودش خبری نیست.

نامه‌ای از نجف
در این زمان مسیرهای منتهی به آقای خامنه‌ای در مراقبت ساواک بود. نامه‌هایی که از طریق پست برای او فرستاده می‌شد، تحت سانسور قرار داشت. سیدمحمدجواد فضل‌الله، دوست لبنانی، همو که در ماه صفر دو سال گذشته، همسفر او به گرگان بود، نامه‌ای از نجف برای دوست ایرانی‌اش فرستاد که به دست ساواک افتاد. متن نامه عربی، و نشانی آن «ایران – مشهد – کوچه ارک»، خانه پدری آقای خامنه‌ای بود. قرار بود نامه به دست «فضیل‍ة الاخ العلام‍ة السیدعلی خامنه‌ئی دام حفظه»، برسد؛ یعنی همان که ساواک در تعقیب اوست. نامه را در مشهد ترجمه کردند یا به تهران فرستادند تا از محتوای آن سردرآورند، معلوم نیست، اما هر چه بود ساواک خراسان درباره آن تصمیم نگرفت و این مدیرکل اداره سوم، ناصر مقدم بود که به رئیس ساواک خراسان نوشت «تسلیم‌نامه مذکور به نامبرده بالا به مصلحت نمی‌باشد.»
سیدمحمدجواد فضل‌الله، نامه را در پاسخ به نامه آقای خامنه‌ای فرستاده بود. نشانه‌ای که بگوید این نامه مطالب حساسی، یا نکات امنیتی دارد و نمی‌بایست به دست گیرنده آن برسد دیده نمی‌شود. سیدجواد از اقامتش در مشهد و مسافرتی که با دوست ایرانی‌اش به مازندران کرده بود به نیکی یاد می‌کند و خبر می‌دهد که به تازگی خداوند پسری به او هدیه کرده که نامش را عبدالهادی گذاشته است. در میانه این نامه تک‌صفحه‌ای، او به جلسه‌ای در نجف اشاره می‌کند که یکی از اعضای آن مصطفی خمینی است. «برادر... چه خوب بود در جلسه‌ای که دیشب در خانه ما برپا شد می‌بودی. آقامصطفی خمینی و آقاجواد گلپایگانی و سیدمصطفوی کاشانی و شیخ‌عمید بودند و این جلسه قشنگ تا نزدیک صبح ادامه داشت و یاد و خاطره شما و سفری که با هم به مازندران داشتیم زنده شد.» در پایان نیز به جلال آشتیانی، سیدمحمدعلی میلانی و دیگران سلام رسانده است. چه بسا وجود نام خمینی در این نامه، ساواک را وادار کرد که آن را در سانسور آن سازمان نگه دارد و به مقصد نرسد! ساواک موضوع را از نمایندگی خود در عراق پی‌گیری کرد و به جای ذکر نام اصلی سوژه (سیدمحمدجواد فضل‌الله)، خواستار تعیین موقعیت «محمدجواد فضل» شد. نماینده ساواک در عراق هم پاسخ داد که در خانه محمدجواد فضل جلسه ویژه‌ای برگزار نمی‌شود. این جلسه‌ها در خانه شیخ‌عمید زنجانی برپا می‌شود که فعلاً در ایران بسر می‌برد. البته سیدجواد دیگری هم هست که فرزند سیدمحمد گلپایگانی است و فعالیت‌های مشکوکی دارد. تحقیق ادامه خواهد داشت.  شاید دو سال بعد، در 1347ش، زمانی که آقای خامنه‌ای با خانواده‌اش سفری به تهران و قم کرد و سیدمحمدجواد فضل‌الله را که با پدر و برادرش به آن شهر زیارتی آمده بودند، دید، درباره این نامه هم گفت‌وگویی کرده باشند.

سخنرانی در کرج و تهران
فرار از دست ساواک و زندگی پنهانی در تهران موجب رخوت سیاسی آقای خامنه‌ای نشد. حداقل بنابر آن چه که از زبان اسناد می‌توان گفت وی در ماه‌های پایانی سال 1345 با سخنرانی‌هایی در تهران و کرج، از ظرفیت ماه مبارک رمضان برای بیان آموزه‌های اجتماعی اسلام بهره برده است. غیر از این او توانست مقدمات جراحی چشم پدر را در تهران فراهم کرده، دستگیر او باشد. پی‌گیری‌های ساواک خراسان از شهربانی این استان برای بازداشت او در نهایت منجر به ارائه این خبر شد که «با تحقیقات غیرمحسوس به عمل آمده، نامبرده فعلاً در مشهد نیست و از محل سکونت وی اطلاعی به دست نیامده؛ ضمناً پدرش آقای سیدجواد خامنه‌ای پیشنماز مسجد ترک‌ها در 4/8/45 جهت جراحی چشم به تهران رفته است.»  این سومین باری بود که آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای برای درمان چشم راهی تهران می‌شد. دوبار در اوایل سال 1343 همراه پسرش به تهران آمد که تشخیص چشم‌پزشک‌ها، پاسخ امیدوارکننده‌ای در پی نداشت، اما جراحی چشم‌ها در سفر سوم، بینایی او را تا حد زیادی بازگرداند.
سخنرانی‌های او در کرج اما، از اواخر آذرماه شروع شد. ظاهراً توسط آقای مدرسی، پیش‌نماز مسجد جامع کرج، و حمایت حاج‌زکی‌خانی و حاج‌حسین کشاورز که به تنقید از دستگاه حکومتی معروف بودند، آقای خامنه‌ای به کرج دعوت ‌شد. سخنرانی‌های او از 23 آذر، اول ماه مبارک در مسجد جامع آغاز گردیده، تا اواسط دی‌ماه ادامه یافت. گویی این بار نیز همچون بیرجند و زاهدان برای سخنرانی‌های خود برنامه‌ریزی داشت؛ با نزدیک شدن به بیست‌ویکم ماه، شعله سخنانش را بالا بکشد و دستگاه‌ حکومتی را به باد انتقاد بگیرد. در آستانه چنین روزهایی بود که وی به مناسبت نزدیک شدن 17 دی، سالروز کشف حجاب، علیه آن چه که آزادی زن نامیده می‌شد سخن گفت. این جا بود که مأموران شهربانی احساس کردند گفته‌های این سید به آن چه که نباید گفته شود، نزدیک می‌گردد. شهربانی کرج دست به کار شد و به بانیان مجلس و دعوت‌کنندگان او تذکر داد که سخنان «آقای سیدعلی خامنه‌ای که بایستی در مورد دین تبلیغ نماید با سخنرانی‌هایی که در مورد تنقید از آزادی زنان می‌گوید مغایر است. به وی تکلیف شود که جز در موارد دینی سخنرانی دیگری انجام ندهد.»
این تذکر حتماً به گوش آقای خامنه‌ای رسید و او نیز در منبرهای بعدی قطعاً به آن توجهی نکرد، چرا که روز 17 دی پیش از آن که پایش به مسجد جامع برسد، او را به شهربانی دلالت کردند «که هم تذکر به وی داده و هم تعهد از وی اخذ نماید. مشارالیه از دادن تعهد خودداری می‌نماید و شهربانی کرج نیز با اطلاع به این ساواک از رفتن به منبرش جلوگیری نموده، وی را به تهران رهسپار می‌نماید.»
انتقاد از عاملان کشف حجاب، تنها حرف ناخوش‌آیند آقای خامنه‌ای برای دستگاه حکومتی نبود؛ او «یک مرتبه هم در لفافه آقای خمینی را دعا» کرده بود.
ساواک تهران که می‌دانست سیدعلی خامنه‌ای تحت تعقیب است، برای مطمئن شدن از هویت واقعی او از ساواک کرج خواست مشخصات کامل و محل سکونت او را اعلام کند. خدیوی، رئیس ساواک کرج، ضمن ارسال اطلاعات دقیق شناسنامه‌ای، محل اسکان او را تهران، خیابان نایب‌السلطنه، ذکر کرد.  آقای خامنه‌ای هر روز دو بار در کرج سخن می‌راند و شبها به تهران بازمی‌گشت. لابد این رفت و آمدهای مکرر، شناسایی محل سکونت او را در تهران آشکار کرده بود.
از دیگر فعالیت‌های وی در تهران شرکت در نشست‌های فکری هیأت‌های مؤتلفه بود. عناصر اصلی این جمعیت یا اعدام شده، یا در زندان بسر می‌بردند. با این حال اندک اعضاء بیرون از زندان با تشکیل جلساتی در حفظ ضربان آن می‌کوشیدند. «جلسات فکری آنان از سال 45 نوعی هسته تشکیلاتی بود. من خود در سال 45 در بعضی از این جلسات، مباحث فکری تدریس می‌کردم. افرادی از قبیل اسلامی، لاجوردی، خلیلی، توکلی و بسیاری دیگر که زندان‌های کوتاهی را هم تحمل کرده بودند،‌ محور مبارزات در محیط عمومی تهران، به ویژه بازار محسوب می‌شدند.»
متقاضی بعدی منابر آقای خامنه‌ای، «خامنه‌ای‌های مقیم تهران» بودند. این هیأت تحت عنوان «جلسه تعلیمات دینی» از او دعوت کرد روزهای جمعه دو ماه بهمن و اسفند، در خانه 9 تن از اعضای هیأت یاد شده سخنرانی کند. اطلاعیه‌ای نیز در قالب جدول زمانی و نشانی بانیان جلسه چاپ، و با این توضیح که «شروع جلسه از ساعت 4 الی 8 بعد از ظهر [خواهد بود] از فرمایشات دانشمند محترم جناب آقای سیدعلی‌آقا خامنه استفاده فرمایید» توزیع شد. از جزئیات بیشتر این نشست‌ها اطلاعی در دست نیست.
چهارمین ترجمه
دیگر کوشش او در تهران، ترجمه کفاح المسلمین فی تحریر الهند بود. اواخر سال 1345 بود که برگردان آن را از عربی به فارسی به انجام رساند. «هنگامی که از سر ناچاری و به انگیزه دور ماندن از چشم مأموران امنیتی رژیم پهلوی، پنهان در تهران بسر می‌بردم، ترجمه این کتاب را آغاز کردم و سپس در دوران چند ماهه اختفاء در مشهد، در ابرده (از روستاهای مشهد) و باز دوباره در تهران آن را به انجام رساندم.»
کفاح‌المسلمین فی تحریرالهند نوشته عبدالمنعم النمر، یکی از علمای دانشگاه الازهر بود. او پس از 26 ماه مسافرت در هند و پژوهش‌های میدانی و کتاب‌خانه‌ای، دو کتاب به رشته تحریر درآورد که یکی اثر یاد شده،‌ و دیگری تاریخ‌الاسلام فی‌الهند نام داشت. آقای خامنه‌ای پس از مطالعه کتاب نخست، آن را شایسته ترجمه و مطالعه ایرانیان دانست. «انگیزه من در آن روزگار اختناق سیاه، افزایش آگاهی سیاسی نسل مبارز آن روز و گزاره زندگی ملتی دیگر که آنان نیز سالیانی دراز با سلطه ظالمانه مبارزه کرده، تلخی‌ها و آزمون‌های دشوار مبارزه را از سر گذرانیده و در نهایت به پیروزی رسیده‌اند، و ترسیم نقش برجسته اسلام و مسلمانان در این آزمایش تاریخی بود.»
این کتاب به علت اکتفا نکردن به ترجمه و اضافه کردن بخش‌هایی، ترجمه و تألیف بود؛ و بعدها به اسم «مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان» چاپ شد.  «کتاب خوبی درآمد از کار. کتاب مفیدی بود. در ایران جای این کتاب خالی بود، زیرا در ایران راجع به هندوستان هر چه بحث می‌شد یک جانبه حرف‌های مؤلفان ضد مسلمان هند نقل می‌شد. حتی مؤلفی که خودش مسلمان هم بود، مثل ابوالکلام آزاد، قضاوتش به نفع مسلمان‌های هند نبود، بلکه به زیان مسلمان‌های هند بود... هر چه در ایران نوشته یا ترجمه می‌شد در این روال بود. این کتاب اول بار نقش مسلمان‌ها را برجسته کرد و خیلی در محافل اسلامی و روشنفکری اسلامی... جا افتاد. مرحوم مطهری بارها این کتاب را در سخنرانی‌هایش معرفی کرد به مردم... مسلمان‌های هند هم علاقه‌مند شدند و بردند، پخش کردند.»
این چهارمین ترجمه او بود. نخستین آنها کتابی از محمد قطب، برادر سیدقطب بود. وقتی برگردان آن را به میانه رساند، شنید که سیدصدرالدین بلاغی با نام برهان قرآن آن را چاپ و منتشر کرده است؛ بی‌آن که از نام نویسنده مصری، نشانی روی آن گذاشته باشد. دومین آن ترجمه‌ای از آثار جبران خلیل جبران بود که آن هم پیش از چاپ توسط مترجم دیگری منتشر شده بود.
آقای خامنه‌ای در آخرین روزهای اسفند 1345 تصمیم گرفت به مشهد بازگردد. «چون مدتی مانده بودیم تهران و کسی سراغ ما نیامده بود، من فکر کردم پرونده [کتاب آینده در قلمرو اسلام] منتفی شده، گفتم می‌رویم مشهد، زیارتی می‌کنیم. زن و بچه را برداشتیم. اثاث‌مان تهران ماند. رفتیم مشهد.»
آقای خامنه‌ای و همسرش در این زمان دومین پسر را نیز در آغوش داشتند. مرتضی، دو ماهه بود.
به نظر می‌رسد قصد ماندن در مشهد را نداشت و قرار بود اواسط فروردین به تهران بازگردد.

سومین بازداشت
آقای خامنه‌ای از بدو ورود به مشهد، یعنی 28 اسفند 1345، تحرکات سیاسی خود را آغاز کرد. «شخصی چون من نمی‌توانست در حاشیه قرار گیرد و نسبت به آنچه در جامعه می‌گذرد بی‌تفاوت باشد.»  به احتمال زیاد ساواک خراسان از بازگشت او به مشهد مطلع نبود؛ اقدامات آشکار او بود که موجب آگاهی دستگاه امنیتی شد. منابع ساواک از یک سخنرانی آقای خامنه‌ای در هشتم فروردین در مسجد گوهرشاد خبر دادند. مفاد این سخنرانی در دست نیست، اما ارزیابی منابع امنیتی آن بود که «علیه مصالح کشور سخنرانی نموده و طلاب را تحریک و تهییج به اقدام علیه امنیت داخلی مملکت می‌نماید.»
آقای خامنه‌ای در دومین بازجویی خود پس از دستگیری، اصل سخنرانی را تکذیب کرد. با توجه به این که تکذیب موضوع به واسطه علنی بودن آن و وجود فراوان مستمعان نمی‌تواند نادرست باشد، احتمالاً این مجلس در محلی غیر از مسجد گوهرشاد بوده، و یا اساساً گزارشگر ساوک دچار خبط شده است. ماجرا هر چه بوده باشد، خبر از بازگشت کسی می‌داد که ساواک در تعقیب او بود.
در همین اوان آقای سیدحسن قمی به دنبال سخنرانی در مسجد گوهرشاد دستگیر و تبعید شد. وی روز نهم فروردین در اعتراض به آیین‌نامه جدید وزارت فرهنگ که تهدیدی علیه استقلال روحانیت تلقی می‌شد و لایحه حمایت از خانواده و نیز نیابت سلطنت فرح پهلوی سخن گفت.  روز دهم آقای قمی تحت مراقبت مأموران راهی زاهدان شد و از آن‌جا به خاش تبعید گردید. 
آقای خامنه‌ای ساعت 8 صبح روز یکشنبه سیزدهم فروردین خود را به خانه آیت‌الله میلانی رساند. روشن است که پیش از این با تعدادی از همفکران خود در یازیدن به واکنشی نسبت به تبعید آقای قمی مشورت کرده، به نتایجی رسیده بود. آن چه از زبان آقای خامنه‌ای از این جلسه بیان شده، کشیده شدن گفت‌وگوها به بگومگو بوده، اما از محتوای آن اطلاعی در دست نیست. مأموران گزارشگر ساواک اما، نوشته‌اند که او از آقای میلانی خواست برای ابراز نظر، صدور اطلاعیه و هر چیزی که نشان از محکومیت تبعید آقای قمی کند، اقدام نماید. از زبان او نوشته‌اند که آنچه آقای قمی گفته، امر به معروف و نهی از منکر بوده و این کار، مجازاتی برابر تبعید ندارد. گفت‌وگوها در این باره به درازا می‌کشد؛ حدود دو ساعت، شاید آیت‌الله میلانی مجاب شود و بپذیرد که اقدامی نماید، اما وی زیر بار نمی‌رود. حتی با پیشنهاد تعطیل نمازهای جماعت موافقت نمی‌کند. حرف آقای میلانی آن بود که «من با وسایلی که دارم در تهران خواسته‌ام که از مقامات بالا استخلاص ایشان را بخواهند و ایجاد تشنج و تظاهرات و اعلامیه هیچ مصلحت نیست... [تعطیلی نماز جماعات] هم درست نیست چون ممکن است بعد از تعطیل نماز‌ها عده‌ای از ائمه جماعت را نگذارند مسجد بیایند، آنها از من گله‌مند خواهند شد و علاوه، ایجاد عصبانیت برای دستگاه می‌کند؛ ممکن است برای آقای قمی بدتر شود و برای دیگران هم ایجاد مزاحمت شود.»
در این جلسه آقای خامنه‌ای متوجه افراد غریبه‌ای شد که با دقت به حرفها گوش می‌دادند. چهره‌ها نشان می‌داد که مشکوک‌اند. «خیلی با ایشان بحث کردیم... جدل کردیم... یکی دو نفر آنجا بودند... دور و بر ما بودندکه ظاهراً قابل اطمینان نبودند. مثل این که گزارش می‌دهند.»
این ملاقات ساعت 8 بعد از ظهر نیز تکرار شد؛ با همان حرف‌ها و همان جواب‌ها. در این بین، فقط آقای حسنعلی مروارید نماز جماعت خود را در مدرسه میرزاجعفر تعطیل کرد.
گزارش سخنرانی کذایی و این ملاقات‌ها و خواست‌ها، به اتهامات آقای خامنه‌ای افزود؛ اما همچنان پرونده او به واسطه ترجمه کتاب المسقبل لهذا الدین در دادسرای ارتش باز بود.
دستور دستگیری آقای خامنه‌ای یک روز قبل (دوازدهم فروردین) صادر شده بود. سرتیپ بهرامی، رئیس ساواک خراسان، از شهربانی خواسته بود که او را فوراً بازداشت کرده، تحویل ساواک دهند.  «دستگاه ساواک، اسمش خیلی تیز بود [اما] واقعاً اطلاعاتی نداشتند... اشتباهات خود ما بود که ما را گیر می‌انداخت...»
روز چهاردهم فروردین حاج‌شیخ‌مجتبی قزوینی دارفانی را وداع گفت. مصیبت فقدان این عالم بزرگوار برای آقای خامنه‌ای بسیار سنگین بود. «من نمی‌توانستم در گوشه خانه بمانم و در سوگ او حضور نیابم.» در مراسم تشییع و تدفین حاج‌شیخ‌مجتبی قزوینی حاضر بود. مراسم تا ظهر طول کشید. مردم متفرق شدند. همراه برادرش سیدهادی، به طرف خانه پدر حرکت کرد. حاج‌سیدجواد تنها بود. بانو خدیجه، مادرش، به سفر حج رفته بود. در میان راه مأموران ساواک دوره‌اش کردند و گفتند که باید با آنها برود. امتناع کرد. به ضرب حضور پلیس، او و سیدهادی را داخل خودرو انداختند. در مقر ساواک، برادرش را رها کردند.
ساعت 13:20 مأموران ساواک در حال بازرسی بدنی او بودند. آن چه از جیب‌هایش بیرون آوردند، تعدادی کارت ویزیت، کتاب نهج‌البصیره،  یک برگ که اشعاری روی آن نوشته شده بود، بریده‌ای از روزنامه اطلاعات ششم فروردین 46، برگ معافیت سربازی و تقویمی که دفترچه تلفن آن پر از شماره‌های این و آن بود. صورت جلسه کردند. از این بین آن چه برای ساواک اهمیت داشت، شماره‌های تلفن و در واقع مرتبطین آقای خامنه‌ای بود. نسخه‌ای از آن تهیه کردند. در صفحه آخر، کنار شماره تلفن‌های آقایان هاشمی، هاشمی‌نژاد این دوبیتی از غلامرضا قدسی را نوشته بود: راز سربسته گیتی زمن دلشده پرس/ این گهر را صدف سینه آدم دارد/ می آسودگی از ساغر بی دردان جوی/ دل بیدار نشاط و تپش از غم دارد.
در صفحه اول نیز شعری گیلکی از میرزاحسین‌خان کسمایی  یادداشت کرده بود:
بیا بیشیم دریاکنار، موجَنَه ور، فُرْشَنَه سر
گاه گاهی دنی اَ موجَنه احـرام بـه دوش
اَ پِله دریا درون، نِشنوی یک حرف جفنگ
اَ ویه کز جنس بشر پیدا نبه مـاده و نـر
بعد یک لحظه نه از موج و نه احرام خبـر
غیـر یرلیق طبیعت نِه دینـی به اَ م وَر

سومین بازجویی
آن شب را در محل ساواک بسر برد یا به زندان ارتش منتقل شد؟ هر چه بود ساعت 09:45 پانزدهم فروردین، سومین بازخواست سیاسی او در ساواک شروع شد. بازجو آدم سمجی بود. پرونده او را کاملاً خوانده، با گزارش‌هایی که از سخنان او در بیرجند و زاهدان تهیه شده بود، آشنا شده بود. پرسش‌های بازجو جدلی بود. می‌خواست با یادآوری منبرهای بیرجند و زاهدان به او بقبولاند که علیه مصالح کشور اقدام کرده و رأفت ساواک در رویه و منش او تأثیری نگذاشته است. طبق معمول، پرسش‌ها از مشخصات شناسنامه‌ای شروع شد؛‌ اما می‌توان گمان برد که آقای خامنه‌ای به جهت درگذشت شیخ‌مجتبی قزوینی، که تکیه‌گاه اندک روحانیون مبارز مشهد بود، تا چه حد غمگین بوده و برای پاسخ‌ها تا چه حد کم‌حوصله؛ هر چند تمرکز او برای دادن پاسخ‌هایی که دست‌آویزی به دست بازجو ندهد کاملاً روشن است؛ و نیز عصبانیت بازجو، وقتی که طرف مقابل حرفی موافق خواست او نمی‌زند.
س: هویت کامل خود را بیان نمایید.
ج: سیدعلی، فرزند حاج‌سیدجواد، شهرت خامنه‌ای، متولد 1318، شناسنامه شماره 217، صادره از مشهد، دارای زن و یک فرزند، دارای مذهب جعفری، تابع دولت شاهنشاهی ایران، باسواد، ساکن مشهد، خیابان خسروی نو، کوچه ارک، منزل آیت‌الله حاج‌سیدجواد خامنه‌ای پدرم، شغل مدرس.
س: متعهد به راست‌گویی می‌شوید؟
ج: بله.
س: تا به حال از طرف مقامات قضائی و انتظامی بازداشت شده‌اید؟ علت و تاریخ و مدت زندانی.
ج: بله. در سال 1342 در بیرجند به علت سخنرانی مذهبی در منبر بازداشت و پس از یک هفته زندانی در مشهد مرخص شدم و در سال 1342 ماه مبارک رمضان به همین علت در زاهدان بازداشت و پس از 45 روز مرخص شدم.
س: در بیرجند و زاهدان روی منبر، سخنرانی در چه مورد نموده‌اید که بازداشت شده‌اید؟
ج: در مورد مسائل اجتماعی مذهبی.
س: هرکس درباره مسائل اجتماعی مذهبی که خلاف مصالح کشور نباشد سخنرانی نماید که جرم نیست؛ و او را بازداشت نمی‌کنند. مسلماً علیه مصالح کشور سخنرانی نموده‌اید که بازداشت شده‌اید.
ج: جرم نبودن سخنرانی مذهبی را بنده هم معتقدم ولی متأسفانه بازداشت اینجانب واقعیتی است.
س: من به شما قول می‌دهم که هر کس از علما و روحانیون و وعاظ درباره مسائل مذهبی و امور دینی و هدایت و تبلیغ مردم درباره دین و مذهب سخنرانی نماید آزاد است و می‌تواند تمام اوقات خود را صرف این مسائل نماید و هیچ‌کس هم مانع نخواهد شد. آن چه مسلم است و پرونده شما حاکی است شما در بیرجند و زاهدان روی منبر سخنانی بر علیه مصالح کشور ایراد نموده که ابداً به امور مذهب و دینی ربطی نداشته است.
ج: روی نقاط موردنظرتان انگشت بگذارید.
س: در بیرجند در سال 1342 و در زاهدان در سال 1342 (رمضان) روی منبر چه گفته‌اید؟ شرح دهید.
ج: فعلاً چیزی به خاطر ندارم.
س: غیرممکن است به خاطر نداشته باشید. پس معلوم می‌شود سفسطه می‌نمایید و از گفتن حقیقت خودداری. سخنان شما در پرونده ضبط است و همان‌طور که گفتم علیه مصالح کشور بوده است که از طرف مقامات انتظامی مبادرت به بازداشت شما شده است.
ج: آن‌چه به نظر شما غیرممکن می‌آید متأسفانه واقع شده است. همان‌طور که عرض کردم روی نقاط موردنظر انگشت بگذارید.
س: شما یک فرد مدرس و واعظ هستید که روی منبر برای مردم وعظ و خطابه ایراد می‌کنید. اگر خود را ملزم به راست‌گویی می‌دانید مسلماً آن‌چه روی منبر و روی هم رفته نحوه سخنرانی خود را به خاطر دارید که در چه موردی در هر منبری سخنرانی نموده‌اید، مگر این که خدای نکرده به مرض نسیان دچار شده باشید و اِلا آن چه در منبر بیرجند و زاهدان بیان کرده‌اید خلاف مصالح کشور بوده و منجر به دستگیری شما شده است، بیان خواهید داشت.
ج: اتفاقاً مدتی است که تا حدودی به مرض نسیان دچار شده‌ام و لذا از یادآوری مطالب منبر معذورم، ولی نحوه منبر مطلب دیگری است و بدیهی [است] که نحوه منبر خود را نمی‌توانم فراموش کنم.
س: پس مسلم بدانید که شما در منابر بیرجند و زاهدان علیه مصالح کشور سخنرانی نموده‌اید که بازداشت شده‌اید و همان طوری که قبلاً گفته شد کسی را به اتهام سخنرانی مذهبی دستگیر نمی‌نمایند. به هر حال با این که در گذشته شما بر علیه مصالح کشور اقدام نموده و تبلیغات مضره نموده‌اید با مساعدت ساواک و مأمورین دولتی از زندان مرخص و آزاد گردیده‌اید، ولی متأسفانه دست از اقدامات خلاف مقررات برنداشته و همواره مبادرت به فعالیت‌های مضره و علیه مصالح کشور نموده و می‌نمایید.
ج: هرگز نمی‌توانم بدون دلیل بپذیرم که علیه مصالح کشور سخنی گفته‌ام و مسلم بودن آن را هم قبول ندارم. پس از آزادی از زندان هم هیچ کاری که بر علیه مصالح کشور باشد انجام نداده‌ام.
س: چه دلیلی صریح‌تر از سخنان خلاف شما است که در روی منبر در بیرجند و زاهدان ایراد نموده‌اید، می‌باشد. ضمناً شما با افراد وابسته به جبهه ملی و نهضت آزادی همکاری داشته و علیه مصالح عالیه کشور اقدام می‌نمایید.
ج: سخنان بیرجند و زاهدان را که به قول شما خلاف است معین کنید. همکاری با افراد فوق را هم شدیداً منکرم.
س: در روضه‌خوانی منزل راغبی در بیرجند روی منبر اظهار داشته‌اید: در قم عمامه‌ها را سوخته‌اند، بچه‌ها را کشته‌اند و ریش‌سفیدها را چوب باتن می‌زنند. چشم خود را باز کنید و مغزها را به کار اندازید. علت فقر و بی‌چارگی مردم این است که شما مردم حتی رادیو، جراید و مطبوعات و همه در اختیار یک عده‌ای است که حقوق مردم را خورده و آنان را به سواری و باربری عادت داده‌اند. کسی جرأت ندارد که حقایق را بگوید و شماها می‌ترسید ولی من نمی‌ترسم و حقایق را می‌گویم و من از بیشتر آرزوهای خود گذشته‌ام. آیا چه حقی از شما خورده‌اند؟ با این سخنان مردم را علیه دولت تحریک و تهییج نموده‌اید. حالا قبول دارید که سزاوار بازداشت شدن بوده و سخنرانی شما علیه مصالح کشور بوده است یا خیر؟
ج: مسئله سوزاندن عمامه‌ها و... ارتباطی به مطالب بعدی ندارد و در دو قسمت گفته شده است. منظور از ذکر آن این است که مردم بیشتر به رنج‌هایی که روحانیت در راه تحصیل علم تحمل می‌کند آشنا شده و به بی‌نظری و خلوص آنان واقف گردند و سخنان مذهبی آنان را از روی دل بپذیرند. و این که گفته‌ام که من از همه آرزوهای خود گذشته‌ام نیز به همین منظور بوده است. و اما مسئله رادیو و جراید... آیا انکار می‌کنید که گردانندگان رادیو و مطبوعات به جای تبلیغ مسائل مذهبی و مسائلی که موجب سعادت دنیا و آخرت مردم است چشم و گوش مردم را به رمان‌های عشقی، اخبار جنایی، موسیقی و... پر می‌کنند و آنان را از درک حقایق بازمی‌دارند؟ به نظر من هر مسلمان وطن‌پرستی از این موضوع رنج می‌برد.
س: شما یک واعظ و مدرس روحانی هستید. به شما چه ربطی دارد؟ اشخاص و افراد خیلی بالاتر و بصیرتر از شما که مسلماً مصالح کشور را در نظر می‌گیرند مترصد هستند. وظیفه شما تبلیغ امور مذهبی و هدایت مردم است و به شما هیچگونه ارتباطی مسائل سیاسی کشور ندارد.
ج: فکر نمی‌کنم همه مقامات دولتی مثل شما فکر کنند. وظیفه ارشاد افکار در یک مملکت آزاد وظیفه همگان است.
س: مگر شما در امور سیاسی تخصص دارید؟ ابداً این طور نیست. هر کس وظیفه‌ای دارد. ابداً وظیفه شما نیست که در این گونه مسائل دخالت نمایید و در پوشش تبلیغ مذهبی مردم را تحریک نمایید.
ج: این مطالب هیچ ارتباط به سیاست ندارد. مسئله تحریک در پوشش تبلیغ هم ادعای شماست و هیچ دلیلی ندارید.
س: عجب! شما در روی منبر خطاب به مردم گفته‌اید: در قم ریش‌سفیدها را چوب باتن زده‌اند. کسی حقایق را نمی‌تواند بگوید. جراید، مطبوعات، رادیو و غیره در دست یک عده از اشخاص است که حق مردم را می‌خورند. چشم و مغز خود را باز کنید. من از هیچ چیز نمی‌ترسم. آیا این مسائل مذهبی است؟ آیا این مطالب تحریک مردم نیست؟ به شما چه ربطی دارد این‌گونه مطالب؟ چه ارتباطی با مسائل مذهبی دارد؟ و اصولاً چه ربطی به یک معمم و مدرس دارد؟ شما در اموری تخصص دارید که از همان با اطلاع هستید. این سخنان شما که در روی منبر بیان نموده‌اید صددرصد علیه مصالح کشور بوده و مردم را نیز تحریک نموده است که عواقب بسیار وخیمی دارد.
ج: عرض شد که این دو قسمت به یکدیگر ارتباط ندارد و در دو مورد گفته شده است.
س: در دو مورد هم گفته شده باشد اصل قضیه این است که شما فعالیت مضره داشته‌ و علیه مصالح کشور تبلیغ نموده‌اید و بی‌جهت دستگیر نشده‌اید، و مأمورین دولتی بدون جهت کسی را بازداشت نمی‌نمایند.
ج: ملاحظه می‌کنید که چون دلیلی پیدا نکردید به همان ادعای اول قناعت فرموده‌اید.
س: خیر چنین نیست. به شما گفته شد سخنرانی شما در روی منابر علیه مصالح کشور بوده، قبول نکردید و گفتید انگشت بگذارید. به شما گفته شد سخنرانی شما در بیرجند و زاهدان روی منبر برخلاف مقررات است و علیه مصالح کشور بوده است که مأمورین را مجبور به دستگیری شما نموده است اظهار داشتید خیر خلاف نبوده. به شما گفته شد آن چه روی منبر گفته‌اید بیان نمایید، خیال کردید سخنان شما از نظر دستگاه پوشیده است و فراموش شده، اظهار داشته‌اید به خاطر ندارم. به شما گفته شد غیرممکن است به خاطر نداشته باشید. اظهار داشتید متأسفانه حال که ممکن شده. سپس آن چه روی منبر تحریک مردم علیه دولت، اهانت به مأمورین و مقدسات کشور و مطالبی که صددرصد علیه مصالح کشور بوده و شما روی منبر گفته‌اید عیناً برای‌تان بازگو شد، سپس قبول کرده ولی اظهار می‌دارید سیاسی نیست. اگر سیاسی نیست و خلاف مصالح کشور نمی‌باشد چه ربطی [به] امور مذهبی دارد. این‌گونه مسائل از وظایف شما نیست.
ج: آن چه را که شما تحریک مردم علیه دولت و اهانت به مأمورین و مقدسات کشور خیال کرده‌اید، بنده برایتان توضیح دادم و عرض کردم که اساساً این عناوین با آن گفته‌ها منطبق نیست. شما باید ثابت کنید که حمله به برنامه‌های رادیو و جراید و غیره توهین به مأمورین و اهانت به مقدسات و... است.
س: ثابت کردن آن مسلم است. سخنانی که گفته‌اید تماماً علیه مصالح کشور بوده و به امور مذهبی که شما در ابتدا مدعی بودید بدون جهت و تقصیری بازداشت شده‌اید و علیه مصالح کشور اقدامی نکرده‌اید مربوط نیست، شما روی منبر جز سخنان تحریک‌آمیز و اهانت به مقدسات کشور چیز دیگری نگفته‌اید و اصلاً درباره مذهب و هدایت مردم چیزی نگفته‌اید و نظرتان از سخنرانی‌های مکرر ایجاد بلوا و آشوب و اغتشاش است و بس.
ج: باز هم ادعا شد و سخنان بنده خوشبختانه به صدق این ادعا هیچ‌گونه گواهی نمی‌دهد.
س: با آقای محسن محسنیان و احمد مجری‌‌سازان طوسی چه رابطه‌ای دارید؟
ج: روابط دوستی.
س: آیا با اقدامات آنها در مورد شرکت سپیده و غیره همکاری داشته‌اید؟
ج: بلی. در مورد شرکت سپیده همکاری داشته‌ام. منظورتان از «غیره» چیست؟
س: نامبرده از افراد فعال جبهه ملی است که به نفع جمعیت مزبور فعالیت دارد.
ج: ممکن است. بنده خبر ندارم.
س: در شرکت سپیده چه فعالیتی دارید و تا به حال چه اقدامی کرده‌اید؟ هدف شرکت سپیده چیست؟ از کی تأسیس شده است؟ مرامنامه‌اش چیست؟ در چه زمینه‌ای فعالیت دارد؟
ج: اساسنامه شرکت سپیده منتشر شده و در دسترس است. هدف شرکت را هم در همان جا ذکر کرده‌ایم. فعالیت بنده عبارت است از: 1. عضویت هیأت مدیره. 2. بررسی کتاب‌های قابل چاپ.
س: در تاریخ 13/1/46 به منزل آیت‌الله میلانی به چه منظوری رفته‌اید و چه مدت در آن‌جا توقف نموده و در چه موردی صحبت کرده‌اید؟
ج: دیدار بنده از آیت‌الله میلانی به منظور دیدن ایشان و خداحافظی بوده است. توضیح آن که بنده دو روز به عید به مشهد آمده و روز پانزدهم (امروز) هم قصد عزیمت به تهران داشته‌ام.
س: به چه منظوری قصد عزیمت به تهران را داشته‌اید؟ در تهران به چه شغلی اشتغال دارید؟ آدرس دقیق شما در تهران کجاست؟
ج: بنده یک سال است در تهران هستم. شغل بنده در تهران گاهی اداره جلسات مذهبی و گاهی چاپ کتاب‌های مربوط به شرکت سپیده است. آدرس دقیق بنده عبارت است از: تهران، خیابان نایب‌السلطنه، کوچه رزاقی.
س: شما متعهد به راست‌گویی شده‌اید و از طرفی فرد روحانی و مسلمان هستید و بر هر مسلمانی واجب است حقیقت‌گوی و درست‌کار باشد. از شما سئوال شد در چه موردی با آیت‌الله میلانی صحبت نموده‌اید؟ آن چه صحبت شده بیان کنید.
ج: جز راست نگفته‌ام و ان‌شاءالله بعد از این هم نخواهم گفت.
س: خیر؛ راست نگفته‌اید. شما پس از دستگیری آیت‌الله قمی به نفع نامبرده فعالیت نموده و مردم را تحریک نموده‌اید و منزل آیت‌الله میلانی رفته‌اید و از وی خواسته‌اید در این مورد اعلامیه بدهد و همچنین اصرار داشته‌اید که نماز را به واسطه قمی تعطیل نمایند. شما را چه اشخاصی تحریک کرده‌اند که به نفع آیت‌الله قمی فعالیت نمایید؟ ضمناً چرا مبادرت به دروغ‌گویی می‌نمایید؟ حقیقت‌گویی یکی از صفات پسندیده مختص ایرانی است و از طرفی دستور شرع مقدس اسلام است که فرد مسلمان بایستی راستگو باشد.
ج: مطالب فوق را جداً و شدیداً منکرم.
س: اگر ثابت شد که شما به نفع آیت‌الله قمی فعالیت داشته‌اید چه می‌گویید؟
ج: چنین چیزی هرگز ثابت نخواهد شد، چون واقعیت ندارد.
س: حقیقت دارد و ثابت خواهد شد. جواب سئوال را بدهید. اگر ثابت شد چه می‌گویید؟
ج: عرض کردم واقعیت ندارد. بر فرض چنین چیزی به قول شما ثابت شود حاضرم اگر در قانون برای این عمل مجازاتی مقرر شده است آن مجازات را بپذیرم. اگر هم حاضر نباشم شما انجام خواهید داد!!!
س: اظهارات خود را به چه وسیله‌ای گواهی می‌نمایید؟
ج: امضا می‌کنم.
محمود غضنفری، از مقامات ساواک مشهد، خلاصه‌ای از بازجویی را به بهرامی، رئیس خود داد و نوشت که همه چیز را منکر است. بهرامی هم در ذیل گزارش نوشت که دو تن از فرزندان علمای اول مشهد شهادت داده‌اند که او از محرکان آقای قمی و سردسته طلبه‌هایی است که آقای میلانی را به تعطیلی نماز ترغیب کرده‌اند. بهرامی تأکید کرد که باید تحت تعقیب قرار گیرد. «کارهای او را بنویسید [برای دادگاه]، دیگر که فرار کرده و خود را مدتها مخفی و مأمورین را گمراه نموده. این شخص مُقْدِم بر علیه مملکت است.»

نامه‌های بی‌جواب
سرتیپ بهرامی هفدهم فروردین در نامه‌ای به سرلشکر فرخ‌نیا، فرمانده لشکر خراسان، خواست زندانی جدید را که به اقدام علیه مصالح کشور متهم است «با قرار مقتضی، بدون ملاقات بازداشت» کند.  تأکید ساواک به ممنوع‌الملاقات شدن آقای خامنه‌ای بی‌ارتباط با پاسخ‌های سربالای او و عصبانی کردن بازجو نبود. اداره دادرسی ارتش در بیست‌وششم فروردین اقدام به صدور قرار کرد: «دادستانی دادگاه عادی 201 ارتش دوم درباره غیرنظامی سیدعلی خامنه‌ای متهم به اقدام علیه مصالح کشور قرار بازداشت موقت صادر و اعلام می‌گردد.»  این حکم به فرماندهی دژبان پادگان مشهد، جایی که آقای خامنه‌ای در آن‌جا زندانی بود، فرستاده شد تا به رؤیت او رسیده، چنان چه اعتراضی دارد، بگوید. اعتراض داشت. او در پایین این حکم نوشت: «اینجانب در تاریخ 14/1/46 توسط ساواک بازداشت و به زندان لشکر تحویل شده‌ام. بنابراین صدور قرار از لحاظ تاریخ با واقعیت بازداشت اینجانب مطابقت ندارد. سیدعلی خامنه‌ای. 26/1/46»
فردای آن، یعنی بیست‌وهفتم فروردین، که 14 روز از بازداشت او می‌گذشت، خطاب به رئیس ساواک خراسان نامه کوتاهی نوشت و به بلاتکلیفی خود و ممنوع‌الملاقات بودنش اعتراض کرد: «ریاست محترم سازمان اطلاعات و امنیت خراسان. محترماً معروض می‌دارد؛ پس از نخستین بازجویی از اینجانب که در تاریخ 15/1/46 انجام یافته، تاکنون اینجانب بدون هیچ‌ علت موجه و روشنی بلاتکلیف در زندان لشکر بسر می‌برم و حتی از ملاقات با بستگان نزدیک نیز ممنوعم. بدین وسیله از آن مقام محترم متمنی است دستور فرمایید اولاً هر چه زودتر پرونده اینجانب طی مراتب قانونی تکمیل و به مراحل نهایی برسد و ثانیاً اجازه ملاقات به اینجانب داده شود. با تقدیم احترام. سیدعلی خامنه‌ای. 27/1/46.»
ساواک دو روز بعد پرونده‌ای پرداخت شده، از برگه‌های بازجویی گرفته تا اعلامیه‌ای که سال گذشته از کرمان برایش ارسال شده و در سانسور پست‌خانه به دست ساواک افتاده بود، به دادرسی ارتش فرستاد. تا توانست اتهامات او را برق انداخت. نامه‌ای آب و تاب دار هم روی آن گذاشت که ترجمه کتاب المستقبل لهذا الدین (آینده در قلمرواسلام) در حاشیه قرار گرفت. این نامه نشان می‌دهد که ساواک مایل بود حکم دادرسی ارتش نه برای کتاب یاد شده که برای سخنرانی‌های بی‌مجازات مانده از نظر ساواک در بیرجند و زاهدان، و نیز حوادث اخیر مشهد، پس از تبعید آقای قمی، صادر شود. «نامبرده بالا که در تاریخ 14/1/46 به اتهام اقدام علیه مصالح کشور دستگیر گردیده و طبق گزارشات منابع موثق محرک اصلی آیت‌الله حاج‌سیدحسن قمی است، حتی سیدصادق قمی فرزند آیت‌الله قمی هم وی را محرک اصلی قمی معرفی می‌کند. همچنین نامبرده به آیت‌الله میلانی و حاجی‌سیدمحمدعلی میلانی فرزند آیت‌الله مراجعه و از آنها خواسته است به علت تبعید قمی نماز را ترک نمایند و اقدامات حاد نمایند. در تاریخ 8/1/46 در مسجد گوهرشاد هم علیه مصالح کشور سخنرانی نموده و طلاب را تحریک و تهییج به اقدام علیه امنیت داخلی مملکت می‌نماید. ضمناً پس از تبعید قمی عده‌ای از طلاب را دور خود جمع و به ائمه جماعت مراجعه و مُصراً از آنها می‌خواهد که بر له قمی نماز جماعت را تعطیل و به نفع قمی اقدامات شدیدی بنمایند. در سال 1342 در بیرجند و زاهدان روی منبر علیه امنیت داخلی کشور سخنرانی و ضمن تحریک و تحریص مردم به مقدسات کشور اهانت می‌نماید که دستگیر و به طهران اعزام می‌گردد. مشارالیه به علت انتشار کتب مضره نیز تحت تعقیب این سازمان بود، که خود را مخفی و مأمورین را گمراه نموده است. اقدامات این فرد، مضر، و بر علیه مصالح کشور می‌باشد. بدین وسیله پرونده وی طبق صورت فهرست به پیوست تقدیم؛ مقرر فرمایند او را به اتهام مُقْدِم بر علیه مصالح کشور تحت تعقیب قانونی قرار داده، سرانجام رسیدگی پرونده اتهامی وی را به این سازمان اعلام نمایند.»
آقای خامنه‌ای، بی‌تاب، در سلول انفرادی پاسدارخانه لشکر زندانی بود. حبس او این بار، با دو بازداشت گذشته تفاوت داشت. آن بیرون، همسر جوان و دل‌نگرانش که در سه سال گذشته طعم آرامش و آسایش را نچشیده و اکنون نخستین دستگیری شوی‌اش را تجربه می‌کرد؛ و نیز فرزند دوساله‌اش که در آغوش مضطرب مادر بسر می‌برد، چشم انتظارش بود.
بازداشتگاه جدید، تر و تمیز و رنگ خورده بود. زندانیان به آن کاخ سفید یا هتل سفید می‌گفتند. بازداشتگاه تعدادی سلول انفرادی و چند سالن عمومی داشت و سهم آقای خامنه‌ای یکی از انفرادی‌ها بود. خیلی زود متوجه شد که همه زندانیان، نظامی هستند؛ غیر از او و قاسمی که یکی از کاسبان مشهد بود. قاسمی در بازگشت از عراق تعدادی اعلامیه آیت‌الله خمینی به همراه داشت که به همین جرم بازداشت و زندانی شده بود. قاسمی هم در سلول انفرادی زندانی بود. هفته‌ای بیش از نوشتن اولین نامه‌اش به رئیس ساواک خراسان نمی‌گذشت که نامه دوم را نگاشت و بار دیگر خواست که پرونده‌اش به جریان بیفتد و امکان ملاقات با خانواده‌اش فراهم گردد. «ریاست محترم سازمان اطلاعات و امنیت خراسان. محترماً معروض می‌دارد؛ از تاریخ 14/1/46 که این‌جانب بازداشت شده‌ام تاکنون (2/2/46) همچنان بلاتکلیف و بی‌خبر از جرم خویش در زندان لشکر بسر می‌برم و حتی در این مدت از حق ملاقات با اعضای خانواده‌ام ممنوع بوده و با وجود نگرانی از حال آنان به کلی بی‌اطلاعم. در تاریخ 27/1/46 نامه‌ای حضور سرکار ارسال کرده‌ام که تاکنون به درخواست‌های محتوی آن بذل توجهی نشده است. بدین وسیله جداً متمنی است اولاً دستور فرمایید مسئولین امر، پرونده اینجانب را در جریان انداخته و تصمیم نهایی را بگیرند؛ ثانیاً هر چه زودتر اجازه ملاقات با بستگان نزدیک را به اینجانب داده و بنده را از نگرانی خارج سازند. از توجه مبذول قبلاً متشکرم. با تقدیم احترام. سیدعلی خامنه‌ای. 2/2/46.»
سرتیپ بهرامی که درباره نامه اول نظری نداده بود، این بار در پایین نامه دوم نوشت: مگر پرونده را به دادگاه نفرستاده‌اید؟ این سئوال، تأثیری در رسیدگی به پرونده نداشت. دادرسی ارتش کار خودش را می‌کرد و ظاهراً بنا نبود با اجازه ملاقات زندانی و خانواده‌اش تسکینی برای او فراهم شود، چرا که حدود 10 ماه بود ساواک به دنبال آقای خامنه‌ای می‌گشت و حالا که پیدا شده بود، داشت خلاف پسند حکومت، عمل می‌کرد.
قرار بازداشت اول که مورد اعتراض آقای خامنه‌ای واقع شده بود، در سوم اردیبهشت بار دیگر به رؤیت زندانی رسید. این بار نوشت: اعتراضی نیست.  به نظر نمی‌رسد اعتراض او نسبت به تغییر تاریخ و محاسبه حبس از ابتدای دستگیری مورد توجه واقع شده باشد، چرا که سرهنگ حبیب‌اللهی، دادستان دادگاه عادی 201 ارتش دوم مقیم مشهد در نامه‌ای به بازپرس شعبه دوم نوشت که «دستور فرمایند به دژبان پادگان مشهد تفهیم شود به زندانی مذکور صراحتاً ابلاغ نماید نسبت به قرار صادره اعتراض دارد یا ندارد که بعداً با اشکال مواجه نشود.»  زمانی هم که حکم او را بریدند، ابتدای حبس را نه از روز چهاردهم فروردین، بلکه از 26 این ماه محاسبه کردند.
روز چهارم اردیبهشت فرمانده لشکر خراسان، سرلشکر فرخ‌نیا، پرونده ارسالی از ساواک را در اختیار دادستانی ارتش قرار داد تا رسیدگی کند.
نشانی از تغییر دیده نمی‌شد. بی‌خبری از وابستگان و نرسیدن خبری از روند پرونده، آسودگی او را همچنان عقب می‌راند. نه به درخواست‌های او وقعی گذاشته بودند و نه کوشش‌های نزدیکانش برای ملاقات نتیجه داده بود. تصمیم گرفت نامه‌نگاری‌های خود را به رئیس ساواک ادامه دهد. سومین آن را هم نوشت: «تیمسار ریاست محترم ساواک خراسان. عطف به نامه‌های مورخ 27/1/46 و 2/2/46 معروض می‌دارد درخواست‌هایی که در دو نوبت طی نامه‌های فوق تکرار گردیده با کمال تأسف تاکنون به مرحله عمل درنیامده و اینک 25 روز است که این‌جانب بلاتکلیف و بدون ملاقات در زندان لشکر بسر می‌برم. عدم توجه به این درخواست‌های قانونی موجب کمال تعجب و تأسف است. از شخص جنابعالی انتظار می‌رود هر چه زودتر به خواست‌های اینجانب رسیدگی و دستور انجام آن را صادر فرمایند. با تقدیم احترام. سیدعلی خامنه‌ای. 9/2/46.»
«بنویسید زودتر به پرونده وی رسیدگی نمایند.» این بار نوشتند و سرتیپ بهرامی هم امضاء‌کرد و از بازپرس دادگاه ارتش خواست نتیجه اقدامات انجام شده را گزارش دهد.
آقای خامنه‌ای فرصت ماه محرم را از دست نداده بود. قاسمی را به کمک طلبیده بود. زندانیان نظامی را به برپایی نماز جماعت تشویق کرده بود. پیش‌نماز آنها بود. هم نماز می‌خواند و هم سخنرانی می‌کرد. قاسمی هم پس از پایان نماز نوحه‌خوانی می‌کرد. روزهای محرم با این شکل سپری می‌شد که در یکی از شب‌ها افسر مسئول زندان وارد شد و دید که نظامیان، پشت سر روحانی زندان صف بسته‌اند. آنها به جای احترام نظامی، رو به قبله ایستاده بودند و سر به زیر داشتند. خشمگین شد و از آنجا رفت. «پس از پایان نماز یکی از مسئولین زندان نزد من آمد و گفت: تو حق نداری نماز جماعت بخوانی و با زندانیان صحبت کنی. این ممانعت به مصلحت من بود زیرا همدلی و همنوایی نظامیان را با من بیشتر کرد. من به آنها گفتم جلسه‌های خود را هر شب ادامه دهید و در هر جلسه چند صفحه از کتاب آنجا که حق پیروز است [نوشته پرویز خرسند] تحلیلی از انقلاب امام حسین علیه‌السلام، بخوانید.»
در این مدت سرهنگ سعیدی، بازپرس شعبه یک، متوجه شد که غیر از پرونده‌ای که با اتهامات ساواک ساخته و پرداخته شده، پرونده‌ دیگری هم به اسم سیدعلی خامنه‌ای به علت فراری بودن باز است. او مطمئن نبود موضوع این پرونده چیست. از این رو درخواست کرد آن را هم برایش بفرستند.
معاون دادرسی لشکر نیز اعلام کرد که پرونده مستقلی برای سیدعلی خامنه‌ای باز نیست، اما سیدهادی خامنه‌ای و سیدحسن خامنه‌ای، برادرانش، هر دو سابقه دارند. پرونده سیدهادی به اتهام اقدام علیه مصالح کشور، در دادگاه تجدیدنظر در حال رسیدگی است و پرونده سیدحسن به اتهام تحریک مردم علیه نظم عمومی، به دادسرای مشهد ارسال شده است. ستوان یکم آذری‌فر، معاون دادرسی لشکر افزود که نام دیگر متهمین پرونده یادشده را اعلام کنند تا سوابق آن ارسال شود.  در نهایت 77 برگ پرونده احمد مجری‌سازان طوسی به علاوه یک جلد کتاب آینده در قلمرو اسلام را به بازپرسی فرستادند تا اتهام آقای خامنه‌ای در پرونده باز یاد شده روشن، و در کنار دیگر اتهامات ساواک رسیدگی گردد.
آقای خامنه‌ای تناوب هفتگی نامه‌نگاری خود را با رئیس ساواک خراسان حفظ کرد و روز شانزدهم اردیبهشت خطاب به او نوشت که پیرو سه نامه گذشته «معروض می‌دارد؛ در نامه‌های فوق تقاضا شده بود که به مجریان مربوطه دستور پی‌گیری و تکمیل پرونده و تعیین تکلیف نهایی این‌جانب و همچنین اجازه ملاقات داده شود. پس از سومین نامه (مورخ 9/2/46) به جای ترتیب اثر به این خواسته‌های قانونی، مأمورین حتی از قبول غذا و کتاب و سایر لوازم نیز خودداری می‌کنند. آیا درخواست‌های اینجانب غیرقانونی است؟ اگر چنین است لطفاً بنده را نیز در جریان بگذارید تا دیگر چنین تقاضایی نداشته باشم، و اگر این درخواست‌ها قانونی و عادلانه است، جای این سئوال هست که به چه دلیل به خواسته‌های قانونی یک زندانی توجه نمی‌شود. در انتظار پاسخ. سیدعلی خامنه‌ای 16/2/46.»

بازجویی در دادسرای نظامی
به چهارمین نامه هم پاسخی داده نشد. پرونده، در دادسرای ارتش در حال جمع‌وجور شدن بود. روز بیست‌وهفتم اردیبهشت جمع‌آوری اطلاعات به جایی رسید که سرهنگ نصرالله سعیدی، بازپرس شعبه یکم، از دژبان پادگان مشهد خواست تا «زندانی سیدعلی خامنه‌ای را با مراقبت کامل ظرف امروز به این بازپرسی هدایت نمایند.» و شد.
همان روز برگه‌های «اظهارات متهم» را در برابرش گذاشتند و این بار، چهارمین بازخواست، توسط اداره دادرسی ارتش آغاز شد. بازجویی سرهنگ نصرالله سعیدی در این جلسه روی کتاب آینده در قلمرواسلام متمرکز بود. البته پرسش‌های اولیه به سخنرانی‌های او در بیرجند و زاهدان مربوط می‌شد.
س: متهم هستید به اقدام علیه مصالح داخلی کشور، تحریک و تحریص مردم، اهانت به رئیس مملکت. به اتهامات خود اعتراف دارید؟
ج: نخیر. اعتراف ندارم.
س: سئوالاتی که از شما خواهد شد جواب‌های آن را شخصاً خواهید نوشت؟
ج: بلی.
س: محتویات پرونده حاکی است که سال 1342 در بیرجند و زاهدان در منبر اظهاراتی نموده‌اید که مضر به مصالح داخلی کشور تشخیص داده شد و نسبت به رئیس مملکت اهانت نموده‌اید. همچنین در ترجمه کتابی به نام آینده در قلمرو اسلام که مطالبی مضر به مصالح عمومی کشور داشته، چاپ و منتشر نموده‌اید و در سخنی از مترجم اظهاراتی اهانت‌آمیز نسبت به رئیس مملکت نوشته‌اید. مطالبی در پاورقی کتاب مزبور نوشته‌اید که جزء ترجمه کتاب نبوده و تحریک‌آمیز و اهانت‌آمیز نسبت به رئیس مملکت می‌باشد. همچنین در تاریخ 8/1/46 در مسجد جامع گوهرشاد مطالب اهانت‌آمیزی نسبت به رئیس مملکت و تحریص مردم بیان نموده‌اید. چگونه اظهار می‌دارید اعتراف ندارم. دلیل شما چیست؟ لزوماً بیان نمایید.
ج: همیشه اثبات و استدلال به عهده مدعی است. اینجانب در مطالب منبر بیرجند و زاهدان و هم در کتاب مزبور که یقیناً در اختیار مقامات محترم قضائی هست مطالبی از آن‌گونه که مرقوم فرموده‌اید سراغ ندارم و صرفاً مطالبی مذهبی، در هر دو سه مورد عنوان و بیان شده است. و اما مسئله مسجد جامع گوهرشاد را اساساً متحیرم که منظور چیست؟ بنده در آن محل منبری نرفته‌ام.
س: شما تا به حال وسیله مأمورین انتظامی دستگیر و بازداشت شده‌اید یا خیر؟ اگر شده‌اید در کجا و چه تاریخی و به چه علت بوده است؟
ج: دو مرتبه. بار اول در زاهدان [= بیرجند] در تاریخ محرم سال 42 و بار دوم در زاهدان در ماه رمضان همان سال (تاریخ شمسی را به خاطر ندارم). علت هر دو مرتبه هم صرفاً سوءتفاهم بوده که پس از فحص و تحقیق مقامات مربوطه قرار منع تعقیب صادر گشت و اینجانب آزاد شدم.
س: چه سوءتفاهمی بوده است؟ اگر اظهاری برخلاف مصالح عمومی نشود مأمورین بی‌جهت مزاحم کسی نمی‌شوند. و موضوع سوءتفاهم نبوده است، بلکه اعتماد به تنبه کرده است، زیرا سابقه نشان نمی‌دهد که پرونده به مراجع قضائی احاله شده باشد.
ج: ناگزیر مجدداً عرض می‌کنم سوءتفاهم است و حاضرم با سئوال از جزئیات مطالب مورد ادعا توضیح کافی به عرض برسانم.
س: شما در شرکت سپیده چه سمتی دارید؟ و آیا کتابی که به شما ارائه می‌گردد ترجمه شما می‌باشد یا خیر؟
ج: اینجانب عضو هیأت مدیره و عضو هیأت داوران کتاب در شرکت مزبور می‌باشم و کتاب، ترجمه اینجانب است.
س: منظور از ترجمه و نشر کتاب آینده در قلمرو اسلام چه بوده است؟ و آرمی که روی جلد کتاب است به چه منظوری کشیده شده؟ معنی واقعی آن را توضیح دهید.
ج: ابتدا لازم است عرض شود که کتاب مزبور فقط ترجمه و چاپ شده ولی هرگز منتشر نشده است، و اما منظور از ترجمه آن کاملاً روشن است. ما امروز برای اثبات موجودیت مذهبی و ملی خود نیازمند بالا بردن سطح معلومات مذهبی مردم می‌باشیم. همه کتاب‌ها و سخنرانی‌های مذهبی به این منظور صورت می‌گیرد. منظور از ترجمه این کتاب هم همین بوده است. و اما روی جلد، انتخابی است که طراح برای آن کرده و تقریباً نام کتاب را مجسم می‌کند؛ یعنی می‌گوید که جهان در آینده، مکتب اسلام را خواهد پذیرفت و آینده در قلمرو اسلام خواهد بود.
س: کتاب مزبور تألیف چه کسی است و در کجا زندگی می‌کرده است؟ و سرکار چه اطلاعاتی از اوضاع و احوال مؤلف آن دارید؟
ج: کتاب مزبور تألیف سیدقطب، دانشمند مسلمان است که در مصر زندگی می‌کرده. اطلاعات اینجانب راجع به آن مرحوم این است که دانشمند اسلامی بزرگی بوده و دهها تألیف ارزشمند به جهان اسلام عرضه کرد و هم‌اکنون ترجمه چندین کتاب او در اختیار ایرانیان قرار دارد.
س: مؤلف کتاب در چه تاریخی فوت کرده است؟ و آیا نسخه عربی کتاب در اختیار شما می‌باشد یا خیر؟
ج: مؤلف در تابستان گذشته در مصر اعدام شد. نسخه عربی کتاب در اختیار اینجانب هست و در بیشتر کتاب‌فروشی‌های معتبر تهران و قم نیز یافت می‌شود.
س: مؤلف روحانی بوده است یا سیاسی؟ و اطلاعات شما در مورد این که اعدام شده است مبنی بر چه دلایلی است؟ در صورت امکان توضیح بیشتری در این خصوص مرقوم دارید.
ج: وی معناً یک روحانی بود. از فعالیت‌های سیاسی و سیاستمدار بودنش اطلاعی در دست ندارم. اطلاع بنده در مورد اعدام وی مستند به جراید کشور خودمان است که عکس و تفصیلات آن را در چند شماره منتشر کردند.
س: در چه جرایدی این موضوع درج شده بود؟ در صورت امکان شماره روزنامه را تعیین کنید.
ج: آن چه بنده در نظرم هست در روزنامه‌های اطلاعات و کیهان و هم در مجله مکتب اسلام، ولی شماره روزنامه‌ها را در نظر ندارم. اجمالاً می‌دانم در اواسط یا اواخر تابستان گذشته بود (تابستان 1345).
س: نسخه عربی کتاب را ممکن است ارائه نمایید؟
ج: فعلاً در اختیارم نیست. یعنی اساساً در مشهد نیست.
س: در مقدمه کتابی که به قلم شما ترجمه شده است مطالبی به اسم سخنی از مترجم به چشم می‌خورد. ممکن است تعیین نمایید منظور از نوشتن آن چه بوده است؟
ج: معمولاً برای آشنایی خواننده با مطالب کتاب مقدمه‌ای نوشته می‌شود و در آن پیرامون موضوعات کتاب یا موضوعاتی مناسب با موضوع کتاب مطالبی نوشته می‌شود. مقدمه بنده هم به همین مناسبت و به همین منظور است.
س: تعیین نمایید مطالبی که در سطر 9 صفحه 5 سخنی از مترجم نوشته‌اید که [= چه] ارتباطی با موضوع کتاب دارد؟ [... و این جاست که علت اصلی کارشکنی‌های خادمان استعمار به هر شکل و به هر لباس با گسترش تعلیمات صحیح دینی و آشنا ساختن توده با حقایق مکتوم اسلامی آشکار می‌گردید؛ همچنان که فلسفه عدم ممانعت یا احیاناً پشتیبانی و همکاری آنان نسبت به برپا داشتن شعائر و تشریفات مذهبی روشن می‌شود...]
ج: مطالب مزبور که سرکار هم‌اکنون قرائت فرمودید در ضمن بیان مطالب مربوطه‌ای ذکر شده و مستقل نیست تا ارتباط آن به تنهایی با موضوع کتاب موردنظر باشد. با انضمام آن به مطالب قبل و بعدش کاملاً ارتباط آن را می‌توان به دست آورد.
س: مطالبی در صفحات کتاب زیر خط نوشته شده که می‌رساند جزء ترجمه کتاب نیست و به اصطلاح پاورقی می‌باشد. آیا نوشته شما است؟ و اگر هست به چه منظوری نوشته شده است؟
ج: مطالبی که اشاره فرموده‌اید نوشته اینجانب است (البته در مواردی که کلمه «مؤلف» در آخر آن نباشد) منظور از نوشتن آنها توضیح یا تکمیل متن کتاب است.
س: آن قسمت از نوشته‌های مزبور که در ذیل صفحه 5 و 6 کتاب نوشته شده است قرائت می‌شود به قلم شما نوشته شده است یا خیر؟ (قرائت گردید) 
ج: بلی، به قلم اینجانب است.
س: به نظر شما نشر این قبیل مطالب تحریص و تحریک علیه مصالح داخلی مملکت نیست؟
ج: کوچک‌ترین جنبه تحریکی در این دو پاورقی که قرائت فرمودید احساس نمی‌کنم.
س: شما در شرکت سپیده سهامدار هستید؟ حقوق بگیر هستید؟ کارمند هستید؟ به چه ترتیبی با شرکت مزبور همکاری می‌کنید؟
ج: سهامدار می‌باشم ولی حقوق‌بگیر نیستم. همکاری بنده به این صورت است که کتاب‌هایی برای چاپ و نشر به شرکت معرفی می‌کنم و ضمناً در جلسات هیأت مدیره هم که برای اخذ تصمیم در امور مالی و فعالیت‌های مطبوعاتی تشکیل می‌شود شرکت می‌نمایم.
س: ترجمه کتاب آینده در قلمرو اسلام در هیأت مدیره شرکت به تصویب رسیده است؟ در صورت مثبت، تاریخ جلسه و شماره صورت‌جلسه را تعیین کنید.
ج: اصل ترجمه محتاج تصویب هیأت مدیره نیست، ولی چاپ آن بدون تصویب آن هیأت صورت نمی‌گیرد. بله، به تصویب رسید، ولی تاریخ جلسه و شماره صورت‌جلسه را به خاطر ندارم.

ملاقات با مصطفی
وقت اداری تمام شد و سرهنگ ادامه بازجویی را قطع کرد. معلوم نیست در پایان این نشست قضائی – نظامی چه تصویری در ذهن سرهنگ نقش بسته شد. هر چند او نمی‌دانست که از یک مجتهد ادیب بازپرسی می‌کند، اما خود را در برابر آخوند درس‌خوانده‌ای یافته بود که توان استدلال، بیان و ترجمه دارد و راه فرار از اتهامات را به خوبی می‌داند.
پیش از شروع بازپرسی بود یا پس از آن؟ آقای خامنه‌ای نامه‌ای که خطاب به سرهنگ سعیدی نوشته بود، به دستش رساند. نوشته بود که یک ماه ونیم از بازداشت او می‌گذرد و تا امروز بدون ملاقات بوده است. «دستور فرمایید اجازه ملاقات به اینجانب داده شود.» دنده سرهنگ به همان پهنای سرتیپ بهرامی بود. مانند او به این تقاضا پاسخ نداد. آن روز چهارشنبه بود و امید داشت در ملاقات‌هایی که پنج‌شنبه و جمعه صورت می‌گیرد، خانواده‌اش را ببیند. نگذاشتند. می‌دانست که عصر روز دوشنبه نوبت ملاقات بعدی است. یک روز پیش از آن، نامه دوم را به سرهنگ سعیدی نوشت و با پیش‌کشیدن حس انسان‌دوستی او یادآور شد که «برای یک زندانی، یک روز هم مدتی است... مکرراً استدعا می‌شود پیش از رسیدن اولین روز ملاقاتی آتی (عصر دوشنبه) انجام خواسته اینجانب را مقرر فرمایید.»
شاید همان روز یا روزهای پیشین ملاقات بود که دید فرزندش مصطفی در آغوش افسری به طرفش می‌آید. خبر را سربازی دوان دوان به او رسانده بود. «بچه را گرفتم و بوسیدم، اما او مبهوت و حیرت‌زده و زبان‌بندآمده به من نگاه می‌کرد. سپس گریه بلندی سر داد که نتوانستم او را آرام کنم. دوباره او را به آن افسر دادم که به خانواده‌ام که حق ملاقات با من را نداشتند برگرداند.»

ادامه بازجویی
عصر دوشنبه هم آمد و رفت. چهارشنبه آن هفته که دومین جلسه بازجویی باید آغاز می‌شد، سرهنگ سعیدی با فرستادن نامه‌ای به رئیس دژبان پادگان مشهد نوشت که زندانی «می‌تواند تحت نظر مستقیم مأمورین با خانواده و بستگان خود ملاقات نماید.»
بازجویی دوم نیز با چند پرسش از اتهاماتی که ساواک ردیف کرده بود شروع شد و سپس روی کتاب آینده در قلمرو اسلام متمرکز گردید.
س: هویت شما در پرونده و نزد اینجانب محرز است (سیدعلی خامنه‌ای) تعیین و اعلام دارید در کدام‌یک از مدارس علمی مشهد به تدریس اشتغال دارید و چه موادی از برنامه به عهده شما می‌باشد؟
ج: تدریس اینجانب در مسجد جامع گوهرشاد در شبستان جنوب غربی و مواد درسی اینجانب سطوح عالیه (رسائل و مکاسب) است.
س: شما از تاریخ 1/3/45 الی 8/1/1346 در کجا بودید و به چه کاری اشتغال داشتید؟
ج: در تاریخ 1/3/45 در تهران بودم و در مسجدی به اقامه نماز جماعت اشتغال داشتم و در تاریخ دوم در مشهد بودم و آماده حرکت به تهران. توضیح آن که از تاریخ 1/3/45 الی 28 اسفند 45 در تهران بوده و در تاریخ 28 (یا 29) به مشهد وارد شده و تا تاریخ 14/1/46 (روز بازداشت) در مشهد بودم.
س: شما با آقای سیدصادق قمی رابطه‌ای دارید یا خیر؟ اگر دارید مورد آن را تعیین کنید.
ج: رابطه اینجانب با ایشان رابطه‌‌ای در حدود آشنایی دور است. توضیح آن که ایشان فرزند یکی از علمای بزرگ مشهد است و بنده هم ایشان را به همین مناسبت می‌شناسم و ارتباطی در حدود سلام و علیک دارم.
س: در موقعی که پدر ایشان در مشهد بودند رفت‌وآمدی داشتید و با ایشان مربوط بودید یا خیر؟
ج: بلی. رفت و آمد مختصری داشتم.
س: با آقای حاجی‌سیدمحمدعلی میلانی رابطه‌ای دارید؟ رفت‌وآمد می‌کنید؟ منظور ملاقات ایشان می‌باشد.
ج: ارتباط با ایشان نیز همین‌طور؛ به تبع آشنایی پدر ایشان است که از علمای بزرگ مشهدند؛ ارتباط مستقیم و مستقل خیر.
س: به قرار اطلاع موثق شما در تحریک آقای قمی و اقدامات نامبرده رُل مؤثری داشته‌اید. ممکن است توضیحاتی در این باره و رابطه‌ای که بین شما و ایشان بوده است مرقوم دارید؟
ج: از این موضوع به کلی بی‌اطلاعم و اساساً با ایشان ملاقاتی که در خور این‌گونه مطالب باشد نداشته‌ام.
س: شما به آقای آیت‌الله میلانی در مورد ترک نماز جماعت اظهاراتی کرده‌اید. ممکن است روشن نمایید منظور از پیشنهاد شما چه بوده است؟
ج: چنین پیشنهادی به ایشان نکرده‌ام.
س: محتویات پرونده حکایت دارد که شما در روز 8/1/46 سخنرانی در مسجد گوهرشاد ایراد نموده‌اید و عده‌ای از طلاب را دور خود جمع و به ائمه جماعت مراجعت و از آنها مصراً درخواست نموده‌اید که بر له آقای قمی، جماعت را ترک و تعطیل نمایند. در این خصوص چه می‌گویید؟
ج: کذب محض است. بنده هرگز در مسجد گوهرشاد سخنرانی نکرده و در این باره یا در هر مورد دیگری به ائمه جماعت مراجعه نکرده‌ام.
س: اعلامیه که به شما ارائه می‌گردد در کجا منتشر شده است و شما چه اطلاعی از انتشار آن دارید؟ آیا عکسی که روی آن چاپ شده است دیده و می‌شناسید یا خیر؟
ج: عکس روی آن را می‌شناسم؛ آقای حجتی [کرمانی] از طلاب معروف و فاضل حوزه علمیه قم بوده، ولی از اعلامیه ذیل آن کوچکترین اطلاعی ندارم.
س: شما در مقدمه کتابی که به نام دنیای آینده در قلمرو اسلام ترجمه‌ کرده‌اید مطالبی به اسم سخنی از مترجم نوشته‌اید. و همچنین مطالبی به نام پاورقی در ذیل صفحات کتاب نوشته که عموماً تحریک‌آمیز، اهانت‌آمیز می‌باشد. منظور از نوشتن مطالب که جزء ترجمه هم نبوده است چه می‌باشد؟ بیان نمایید.
ج: منظور از نوشتن مقدمه و پاورقی معمولاً توضیح بیشتر مطالب کتاب یا افزودن مطالب مناسب به آن است. منظور بنده هم از نوشتن مقدمه و پاورقی‌ها همین بوده است. ولی تحریک‌آمیز و توهین‌آمیز بودن آن را شدیداً منکرم تحریک چه کسی و توهین به چه فردی؟!
س: قسمتی از پاورقی صفحه 6 را قرائت می‌کنم. این مطالب تحریک‌آمیز و توهین‌آمیز می‌باشد. [در کنار سئوالات پیشین ذکر شده است.]
ج: آن چه را قرائت فرمودید واقعیت بسیار ساده‌ای است؛ واقعیتی که هر کسی در نظر بدوی به آن برخورد می‌کند. آیا برنامه رادیو و تلویزیون و سینما برنامه مذهبی و اسلامی است؟ و آیا برنامه‌های تعلیم و تربیت که در مدارس به مرحله اجرا گذارده می‌شود، کودکان و دانش‌آموزان را به درک حقایق مذهبی نزدیک می‌کند؟ و اصولاً آیا برنامه‌های مؤسسات عمومی از تعالیم اسلام سرچشمه می‌گیرد؟ ما این حقایق را که خود سرکار هم بی‌گمان به آنها واقفید به عنوان گزارشی از وضع جاری بیان کرده‌ایم. هرگز نخواسته‌ایم کسی را بر ضد وضعی تحریک کنیم و یا به دستگاهی توهین روا داریم. یقیناً اگر از مسئولان فرهنگ، اقتصاد و... هم بپرسید آیا طرح‌ها و برنامه‌های شما از روی دستورات اسلام و فی‌المثل با ملاحظه مسائل و مقررات توضیح‌المسائل و عروةالوثقی تنظیم شده، جواب مثبت نخواهند داد. تکرار می‌کنم کوچکترین جنبه توهین و تحریک در این نوشته و نوشته‌های مشابه آن منظور نبوده و وجود ندارد.
س: کتابی را که شما به نام نشریه اسلامی و مفید به دین مبین اسلام ترجمه کرده‌اید جنبه سیاسی آن که محققاً بیش از جنبه اسلامی است، چه نفعی به حال جامعه اسلامی دارد؟ نکات بسیار حساس و تحریک‌آمیزی دارد. مثلاً مطالب مندرج در صفحه 23 و 24 که عیناً قرائت می‌شود. در این خصوص نظر شما چیست؟ [حال اگر برنامه زندگی آنان برنامه خدایی باشد، یعنی از عقیده و طرز فکر آسمانی مایه گرفته باشد، این مردم پیرو دین خدا و خداپرست می‌باشند، ولی اگر این برنامه ساخته و پرداخته محیط یا امیال ملت یا مولود خواسته ارباب یا پادشاه و خلاصه زاییده طرز فکر یا فلسفه بشری باشد آن مردم در دین خدا نبوده و خداپرست نیستند. بهتر است آنان را محیط‌پرست و ملت‌پرست و ارباب‌پرست و شاه‌پرست نامید.]
ج: مطلبی که قرائت فرمودید و برای نمونه‌ای از جنبه سیاسی کتاب بیان فرمودید خوشبختانه صرفاً مذهبی است و نه سیاسی. آیا در محیط و اجتماع کسی هست که منکر معنای آن باشد؟ و آیا فکر می‌کنید مقامات عالی اجتماع، مردم را به غیر خداشناسی سوق می‌دهند؟ بنده درباره این مطلب و مطالبی نظیر آن (اگر در کتاب باشد) صرفاً اتکاء و امیدم به ذهن بی‌طرف و مستقیم مقامات قضائی است. چون در مقام ادعا، این که فلان مطلب توهین‌آمیز است و فلان تحریک‌آمیز خیلی حرف‌ها می‌توان گفت و ادعا کرد. ما خواسته‌ایم بگوییم مردم باید با پذیرفتن طرز فکر و برنامه الهی خود را خداپرست کنند؛ و همین.
س: مطلب مندرج در کتاب که برای شما قرائت شد و خیلی جملات دیگری که در صفحات 102  و 111  و 164  و 165  و 170  و 171  و 181  نوشته شده هرگز جنبه دینی آن به اندازه سیاسی آن نبوده و اثر سوء آن در خواننده به مراتب بیش از نتیجه مذهبی آن می‌باشد و قابل قبول نیست که نویسنده و مترجم کتاب نظر خاصی از نشر آن نداشته باشد. هدایت مردم به مبادین [= مبانی] اسلامی راه‌های بهتری هم دارد که داخل در سیاست و تنقید نگردند. و به همین دلایل و مدارک کتاب مزبور مضر به حال جامعه تشخیص داده شده است و معلوم نیست شما به چه منظوری اصرار دارید که لباس مذهبی به آن بپوشانید.
ج: به طوری که عرض شد مطالب را باید با دیدة بی‌طرف و منصفانه نگریست. آن‌چه در کتاب آمده عیناً همان است که در همه منابر و کتب و مجلات دینی نیز بیان می‌شود. جنبه سیاسی آن صرفاً انعکاسی از بدبینی و حساسیت و یا احیاناً جهات دیگری است که در ضابطین قضائی وجود داشته و موجب شده که این مطالب را که به هر حال مرتبط به تعالیم اسلامی است با دیده مطالب سیاسی بنگرند. اگر لازم باشد حاضرم آیاتی از قرآن بر طبق آن چه در کتاب آمده است ارائه دهم تا کاملاً مذهبی بودن آن روشن گردد.
س: متهم هستید به اقدام علیه مصالح عمومی کشور و ترجمه و نشر اوراق مضره. هرگونه اظهاری مبنی بر بی‌گناهی خود دارید به نام آخرین دفاع بیان نمایید.
ج: آخرین دفاع من این است که مقامات مسئول کوچکترین دلیلی بر مجرمیت من ندارند. کتابی که ترجمه کرده‌ام کتابی است مذهبی که برای ادای وظیفه روحانی و مذهبی رنج ترجمه و چاپ آن را بر خود هموار نمودم. اوراق مضره هم تاکنون منتشر نساخته‌ام و اساساً روح و اعصاب من با دخالت در کارهای ماجراجویانه‌ای از این قبیل موافق و مساعد نیست. به فرض کتاب این جانب مضر تشخیص داده شود (که بدون تردید تشخیصی است برخلاف واقع) آن را منتشر نکرده‌ام. چاپ شد ولی انتشار آن به مانع برخورد نمود و متوقف ماند و هنوز هم در توقیف است. مصالح کشور من، مصالح من و ملت من است. دلیل ندارد علیه آن اقدام کنم و از این جهت نزد خدا و وجدان خود سربلند و مفتخرم که در کارهای جزئی و کلی همیشه منافع و مصالح عموم را در نظر داشته‌ام. مطلبی که جداً برای من مایة تأسف است این است که دستگاه سازمان امنیت و به دنبال آن دستگاه‌های قضائی هرگز نخواسته‌اند بفهمند این کتاب بزرگترین حربه است بر ضد دشمنان شماره یک کشور و ملت ما. مطالبی که در فصل چهارم آن (از صفحه 98 تا 122) آمده است منطقی‌ترین و مستدل‌ترین و ضمناً ساده و همه‌کس فهم‌ترین مطالبی است که می‌تواند اساس و پایه کمونیسم را ویران سازد. فصل آخر آن حمله مستقیم و متقنی به سیاست ماجراجویانه و تجاوزکارانه مصر که تحت پوشش «ناسیونالیسم عرب» به افکار تحمیل می‌شود ... آیا این کتاب نمی‌تواند به عنوان یک ذخیره ملی و مذهبی مورد استفاده قرار گیرد؟ در هر صورت در آخرین جمله عرض می‌کنم به فرض که پاره‌ای مطالب کتاب مضر تشخیص داده شود یقیناً از روی بی‌نظری و به طور خالی‌الذهن نوشته شده و دلیل روشن‌‌اش هم این که بنده کتاب را مخفیانه به چاپ نرساندم. در چاپخانه رسمی و مهمترین و شلوغ‌ترین چاپخانه مشهد (چاپخانه خراسان) آن را چاپ کردم و هرگز به این جانب و همکاران مطبوعاتی اخطار نشد که مطالب آن تعدیل شود و یا اساساً کتاب به چاپ نرسد و چاپخانه هم بدون این که مراقبت و سانسور مقامات دولتی را شرط بداند، آن را برای چاپ پذیرفت. ما توفیقی الابالله و علیه اتوکل.

صدای بلند یک نامه
آقای خامنه‌ای در پایان بازجویی بار دیگر به تاریخ قرار بازداشت اعتراض کرد و نوشت که آن را قبول ندارد. سرهنگ سعیدی، بازپرس، موضوع را به سرهنگ حبیب‌اللهی، دادستان، اطلاع داد. او هم قضیه را به آگاهی سرهنگ بعدی، یعنی جبلی روشن، رئیس دادگاه رساند. سرهنگ جبلی روشن نیز با دو سرهنگ پیاده و توپ‌خانه (اسماعیل منظری و نصرالله عبدی قاجار) جلسه گرفت. سرهنگ‌ها به این نتیجه رسیدند که اعتراض وارد نیست.
به زندانی، سیدعلی خامنه‌ای، اجازه ملاقات داده شده بود. و او احتمالاً پنج‌شنبه چهارم خرداد، پس از 52 روز حبس، توانست با بستگان خود دیدار کند. هشت روز آخر ذی‌حجه، تمام ماه محرم و نیمی از صفر را در حبس بود. او حتماً برای دو ماه محرم و صفر فکر‌هایی کرده بود؛ قول‌هایی داده بود برای سخنرانی، اما دستگاه امنیتی و ارتش بدشان نمی‌آمد، آن بیرون، از تعداد روحانیان سیاسی در این دو ماه کم کنند: منبر کمتر، امنیت بیشتر. آقای خامنه‌ای یک هفته پس از نخستین ملاقات با خانواده، تقاضا کرد امکان تماس تلفنی او با بیرون فراهم شود. موضوع را توسط امربر به گوش افسر نگهبان ‌رساند. سروان کامبوزیا طاهری، وقتی با این درخواست روبه‌رو ‌شد پیغام داد که این‌جا زندان است نه تلفن‌خانه. روشن نیست چه کاری با بیرون داشت که این پاسخ را برنتابید. فوری نامه‌ای به افسر نگهبان نوشت: «پاسخ عجیب و قرون‌وسطایی آن افسر محترم بر بنده ثابت کرد که جنابعالی خود را مالک‌الرقاب زندانیان می‌دانید و نه نگهبان. این‌جانب لازم می‌دانم با کمال ادب معروض دارد که خیر! سرکار فقط نگهبان‌اید و هرگز یک نگهبان نمی‌تواند در حوزه نگهبانی از انجام خواسته قانونی و بر طبق مقررات جلوگیری کند. این نکته‌ای است که فراموشی موجب شد صبح به تیمسار معظم فرماندهی یادآوری نکنم. مجدداً تذکر می‌دهد که به تلفن احتیاج دارم و این حقی است که قانون برای زندانی مقرر ساخته که در صورت احتیاج بتواند با خارج تماس تلفنی داشته باشد. لطفاً موافقت یا مخالفت خود را در ذیل همین نامه مرقوم فرمایید. با احترام. سیدعلی خامنه‌ای.»
افسر نگهبان متن نامه را بی‌شباهت به دعوت به دوئل ندید و شاید برای نخستین بار احساس کرد که در حال تهدید شدن از طرف یک زندانی است؛ آن هم با این صدای بلند! بلافاصله نامه‌ای خطاب به ریاست رکن 2 لشکر خراسان نوشت و دست‌خط آقای خامنه‌ای را هم ضمیمه کرد. «نظر به این که نحوه رقم کاغذ برای این جانب اهانت‌آمیز بوده و تهدیدآمیز است، پیرو مکالمه تلفن با آن ریاست تقاضا دارد در این مورد رسیدگی شود.» نامه‌ها را به دادستانی ارتش فرستادند که در کنار دیگر برگ‌های پرونده او قرار گیرد.

ترجمه در زندان
آقای خامنه‌ای توانست پس از پی‌گیری‌های فراوان دفتر دستک‌های موردنیاز خود را از طریق خانواده دریافت دارد. در آن بین کتاب الاسلام و مشکلات الحضاره نیز بود. این کتاب هم یکی از تألیفات سیدقطب بود. او در حالی که به دلیل ترجمه یکی از آثار همین نویسنده در حال محاکمه بود، برگردان این کتاب را در زندان آغاز کرد. گمان می‌کرد می‌تواند از تنهایی و خلوت زندان بهره گیرد و آن را به انجام برساند. اما پس از گذشت هفته‌ای یا دهه‌ای از کار بازماند. قلمش به فرمان نبود. یکنواختی ماندگاری در چاردیواری زندان، تکرار تنهایی و حوصله تنگ نگذاشت بیش از سه چهارم کتاب را ترجمه کند. سال 1349 که برگردان آن با کمک سیدهادی خامنه‌ای به پایان رسید در مقدمه کتاب از این روزها یاد کرد و در لفافه چنین نوشت:
در بهار سال 46 با استفاده از بی‌کاری دوران یک سفر چند ماهه، ترجمه این کتاب را شروع کردم؛ بدین امید که از خلوت این انزوای جانگزا، اصحاب را هدیتی برده باشم. ولیکن پس از هفته‌ای چند از آغاز این کار، به تجربه دانسته شد که کیمیای خلوت و تنهایی نیز آب حیوانی است که چون از سر گذشت خاصیت مطلوب خود را به ایجاد خفگی مبدل می‌سازد. یکنواختی ساعات و لحظات و روزها و هفته‌ها و ماه‌ها و تکراری شدن چشم‌اندازهایی که از چهار سو بیش از دو متر فاصله نمی‌داشتند حوصله و نشاط ادامه این کار را سلب کرد و بیش از سه چهارم کتاب آن هم بدون تجدیدنظر و مقابله ترجمه نشد و حتی پس از این که آن ماهها نیز مانند همه چیز پایان یافت و دوباره زندگی معمولی به جریان افتاد متن کتاب و ترجمه‌های من از زاویه فراموشی بیرون نیامد.
غیر از ترجمه، نوشتن خاطراتش را نیز شروع کرد که به دلیل دلتنگی بار شده بر قلبش آن را نیز نیمه‌کاره رها نمود. جمله پایانی او این عبارت بود: «در این جا دست از نوشتن برمی‌دارم، زیرا هیچ فایده‌ای بر آن مترتب نیست.»

گردش پرونده
پرونده آقای خامنه‌ای توسط بازپرس برای ارسال به دادستانی ارتش آماده شده بود. پیش از آن سیدمحسن محسنیان، مدیرعامل شرکت سپیده را به عنوان گواه احضار کردند تا اظهارات او را نیز ضمیمه پرونده کنند؛ شاید رنگ برخی اتهامات غلیظ شود. آن چه در حرف‌های محسنیان تازگی داشت عضویت آقای خامنه‌ای در هیأت تحریریه شرکت بود. او گفت که «غیر از آقای خامنه‌ای، آقای غلامرضا قدسی هم [عضو هیأت تحریریه بوده] ... و در چاپ کتاب آینده در قلمرو اسلام، آقای قدسی مسافرت بوده و دخالتی در این مورد بخصوص نداشته‌اند.»
سرهنگ سعیدی که تعداد برگه‌های پرونده آقای خامنه‌ای را به حدود 80 برگ رسانده بود، در 22 خرداد قرار مجرمیت او را نوشت. در این قرار، همه آن چه که سرتیپ بهرامی، رئیس ساواک، به عنوان اتهام ردیف کرده بود، دیده می‌شد؛ مضاف بر این که «اهانت به رئیس مملکت» نیز به عنوان چاشنی به آنها افزوده شده بود. حتی گفته محسنیان که کتاب آینده در قلمرو اسلام در غیاب غلامرضا قدسی برای چاپ به تأیید رسیده، در زمره اتهامات قید گردید، و از درج این که عکس محمدجواد حجتی کرمانی همراه اعلامیه‌ای به نشانی آقای خامنه‌ای فرستاده شده [و در غیاب او در سانسور پست‌خانه به دست ساواک افتاده.] مضایقه نگردید.  سرهنگ در پایان قرار مجرمیت هم تأکید کرد «اتهام منتسبه به متهم سیدعلی خامنه‌ای را وارد دانسته در مورد اقدام علیه مصالح داخلی کشور به موجب ماده 5 قانون مجازات مقدمین بر علیه امنیت و استقلال مملکتی عقیده بر مجرمیت نامبرده دارم و در مورد تحریک و تحریض مردم به موجب ماده 79 قانون فوق‌الاشاره نظر به مجرمیت او دارم و در مورد اهانت به رئیس مملکت به موجب ماده 81 قانون مزبور به مجرمیت او عقیده‌مند هستم.»
از آن‌جا که در آخرین دفاع، آقای خامنه‌ای از پذیرش یا عدم پذیرش اتهام اهانت به شخص اول مملکت جمله‌ای ننوشته بود، صبح 30 خرداد او را از زندان به دادگاه نظامی آوردند تا در این مورد نیز دفاع کند و نوشت که «به عنوان آخرین دفاع عرض می‌کنم بنده چه در منبرها و جلسات تبلیغی و چه در طرز تفکر شخصی خود موجبی برای این اتهام نمی‌بینم و اصولاً با توهین به شخص اول سخت مخالف» هستم. در سخنرانی‌های او هم روشن بود که به جای هدف قرار دادن معلول در پی لق کردن پایه‌های علت است. در همین روز پرونده 81 برگی آقای خامنه‌ای به دادستان ارتش دوم مستقر در مشهد فرستاده شد.
از فردای آن، سرهنگ حبیب‌اللهی، دادستان، شروع به تنظیم کیفرخواست کرد.

به دنبال سعید خامنه‌ای
خبر بازداشت آقای خامنه‌ای به ساواک تهران گزارش شده بود. اداره کل سوم همچنان در پی دستگیری سیدجعفر قمی و مرتبطین با او بود که یکی از آنها سیدخامنه‌ای/ سعید خامنه‌ای بود. در این روزها ساواک خراسان متوجه شد که سیدجعفر قمی وارد مشهد شده است. او را دستگیر نکردند و یا نتوانستند. او و دو متواری دیگر متهم بودند به «طبع و نشر اعلامیه مضره و تحریک مردم به جنگ و قتال و توهین به رئیس مملکت». ساواک خراسان ردّ سیدجعفر قمی را در 27 اردیبهشت در مشهد یافت. همچنین باخبر شد که او درصدد تهیه اطلاعیه‌ای علیه آقای میلانی است، چرا که پس از دستگیری و تبعید برادرش، سیدحسن قمی، اقدام بایسته‌ای از طرف آقای میلانی بروز نکرده بود. وابستگان و اطرافیان آقای قمی در این روزها به شدت نسبت به آیت‌الله میلانی بدگمان شده بودند. قطعاً سازمان امنیت از این نقار پیش آمده استقبال می‌کرد و به آن دامن می‌زد. سیدجعفر می‌خواست چند روزی در مشهد بماند و اوایل تیر (احتمالاً) به تهران بازگردد؛ شاید بتواند برای دیدن برادر تبعیدی‌اش به خاش برود.
اداره کل سوم ساواک روز 18 خرداد از ساواک خراسان خواست در تطبیق هویت سعید خامنه‌ای/ سیدخامنه‌ای با سیدعلی خامنه‌ای اقدام کند. در این نامه آمده بود که این فرد (سعید یا سیدخامنه‌ای) متواری است و باید شناسایی شود.
آقای خامنه‌ای که در اختیار ارتش و محکمه نظامی قرار داشت، 25 خرداد برای بازجویی به ساواک برده شد. بازجو پس از پرس‌وجوهای مقدماتی، گفت که اطلاعاتی داریم که نشان می‌دهد شما در نشر اعلامیه‌های «مضره» با سیدجعفر قمی همکاری می‌کردید. ساواک جز نامی مشکوک، چیز دیگری در دست نداشت و مأمور اطلاعاتی با این پرسش می‌خواست زندانی سیاسی را وزن‌کشی کند؛ وزن دانسته‌های او را بسنجد. آقای خامنه‌ای برخورد روان و غیرپیچیده‌ای کرد. گفت که سیدجعفر را می‌شناسند؛ با او دوست است؛ می‌داند که فراری است؛ حتی می‌داند که به اتهام چاپ اعلامیه ضدحکومتی پنهانی زندگی می‌کند؛ گفت که در طول چند سال اختفا بارها او را دیده است. و همه اینها اطلاعات روشنی بود که نه تنها او، بلکه بسیاری از افراد در قم و تهران و مشهد می‌دانستند؛ اما او همکاری در «نشر اوراق و اعلامیه‌های مضره» با سیدجعفر قمی را رد کرد. و درست هم می‌گفت. آقای خامنه‌ای در تهران با او همکاری نکرده بود. همه فعالیتهایش در چاپ و توزیع اعلامیه در قم بود. وقتی بازجو بار دیگر گفت که مطابق مدارک موجود، مشارکت شما در این کار روشن است، وی پاسخ داد که «اطلاعات جنابعالی در این زمینه ناقص است. بنده در تاریخ اقامت ایشان در تهران، حتی یک هفته هم در تهران نبوده و در قم سرگرم امور تحصیلی خویش بودم.» وقتی بازجو از آقای خامنه‌ای خواست که نام برادران خود را ببرد و بگوید که کجا هستند و چه کار می‌کنند، معلوم شد که همه آن مدارک و اطلاعاتی که به آن استناد می‌کرد، واهی بود؛ به ویژه آن که پرسید: «در فامیل شما شخصی به نام سعید خامنه‌ای و یا شخص دیگری به این نام» هست؟ پاسخ این بود که سعید داریم، اما نام خانوادگی‌اش خامنه‌ای نیست؛ در آمریکا زندگی می‌کند، برادرانش در ارتش هستند و یکی هم شغل آزاد دارد. آخرین سئوال بازجو این بود: «چنانچه سیدجعفر طباطبایی [قمی] اعتراف کند که شما در نشر اعلامیه با ایشان همکاری داشته‌اید چه جواب خواهید داد؟» آقای خامنه‌ای هم گفت: «خاصیت بارز این دوست من راست‌گویی است و محال است چنین دروغ بزرگی را به اینجانب نسبت دهد. در صورتی هم که ایشان دلشان بخواهد مطلب خلاف واقعی بفرمایند بنده با هیچ منطقی الزام ندارم خلاف واقع ایشان را صحه بگذارم.»
ساواک خراسان به اطلاع تهران رساند که در بازجویی به عمل آمده، سیدعلی خامنه‌ای همکاری با سیدجعفر قمی را انکار می‌کند.  یعنی دلیلی برای همکاری این دو به دست نیامد و معلوم نیست سیدخامنه‌ای/ سعید خامنه‌ای همان سیدعلی خامنه‌ای باشد.
پرونده سیدجعفر قمی و دیگر متهمان در لشکر یک گارد بررسی می‌شد و ساواک در حال تکمیل کردن اطلاعات درخواستی آن لشکر بود. می‌توان حدس زد اگر «همدستی چمدانی» این دو رفیق (سیدجعفر و سیدعلی) در توزیع اعلامیه‌های ضدحکومتی برای ساواک محرز می‌شد، برگه‌های پرونده زندان و محکومیت آقای خامنه‌ای به شکلی تصاعدی بالا می‌رفت و کیفرخواست او نه در مشهد، و به دست سرهنگ‌ها، بلکه در تهران و به دست تیمسارها باید نوشته می‌شد.
سعید خامنه‌ای/ سید خامنه‌ای حداقل تا پایان سال 1346 یکی از موضوعات جدی ساواک بود؛ نامی که رد و نشانی از او وجود نداشت!