سیستانی در شکل‌دهی به چشم‌انداز کلی سیاسی در عراق طی 10 سال گذشته نقشی برجسته ایفاء کرده است. وی در تشکیل "ائتلاف ملی عراق" نیز نقشی تأثیرگذار داشت، ائتلافی که شخصیت‌های شیعه را در داخل یک چارچوب سیاسی متحد جمع کرده اما جانب هیچ یک از فرقه‌ها در برابر فرقه دیگر را بر عهده نگرفت. سیستانی همچنین در جهت فائق آمدن بر موانع در روابط داخلی بین اجزاء تشکیل دهنده ائتلاف ملی عراق و نیز رابطه با سایر لیست‌ها انتخاباتی نیز یاری رساند. این امر باعث شد سایر مجموعه‌های سیاسی برای حل و فصل مشکلاتی که با رقبای خود – بالاخص ائتلاف ملی عراق – داشتند به صورت مستقیم یا غیر مستقیم باید با وی در ارتباط باشند.
با این حال، وی پس از انتخابات سال 2010 به این نتیجه رسیده که سیاستمداران عراقی ناکارآمد هستند و به جای اینکه حمایت مذهبی و اجتماعی وی را برای بهبود وضعیت کلی عراق سرمایه‌گذاری کنند، از آن به نفع خود بهره می‌برند.
سیستانی بارها گفته که خواهان یک دولت غیرنظامی پیشرفته است که در تطابق با وضعیت مذهبی کلی کشور قرار دارد و نه بیش از آن. با این حال، سیاستمداران احزاب مذهبی تلاش عمده‌ای را برای پیشرفت انجام نداده و متمایل به ایجاد یک حکومت مذهبی افراطی دارند.
آیت‌الله سیستانی از حامی سیستم سیاسی به منتقدی تبدیل شده که می‌خواست پلی بین خلاء‌ها ایجاد کرده و خسارتی که توسط سیاستمداران به بار آمده بود را بر طرف سازد. وی در سال 2010 از هیچ یک از لیست‌های انتخاباتی حمایت نکرده و کاملا بی‌طرف ماند. همین باعث شد تا تشکیل دولت هشت ماه به تعویق افتد.
سیستانی از درخواست‌های مردمی برای افزایش سطح خدمات و نیز بهبود عملکرد دولت حمایت کرد. زمانی که برای این درخواست‌ها پاسخی مناسب از جانب دولت دریافت نکرد، درب خانه‌اش را به روی جناح‌های شرکت کننده در دولت بست تا نارضایتی خود را بیان دارد. نمایندگان وی به انتقاد از عملکرد دولت طی سخنرانی‌ها و بیانیه‌های دینی و اجتماعی ادامه دادند.
این امر وی را به صورت بی‌سابقه‌ای عصبانی کرد. وی فتوایی منتشر کرده و از رأی‌دهندگان خواست تا انتخاب عاقلانه‌ای داشته باشند و از رأیی که می‌دهند بعدها پشیمان نشوند و اعلام کرد که باید بین خوب و بد و بین آنهایی که به مردم خدمت کرده و با فساد مبارزه می‌کنند و آنهایی که برای نفع خودشان فعالیت می‌کنند، تمایز قائل شد. وی همچنین از همه خواست تا به صورت فعالانه و آگاهانه در انتخابات آتی 30 آوریل شرکت کنند.
المانیتور از منابع نزدیک به دفتر سیستانی شنیده است که به نمایندگان سیستانی اعلام شده از تمام جناح‌های پارلمانی به یک اندازه فاصله بگیرند و در همین حین بدون ذکر نام از مردم بخواهند به افرادی که در فساد درگیر هستند و یا قبلا عملکرد موفقی نداشته‌اند، رأی ندهند. سیستانی همچنین به صورت غیرمستقیم به رهبران جناح‌های انتخاباتی توصیه کرد که چهره‌هایی جدید و شایسته را انتخاب کنند تا اعتماد مردم بار دیگر جلب شود.
طی یک تحول مهم در روابط بین دولت و سیستانی، کابینه جعفوی قانون اختیارات شخصی وی را علی‌رغم مخالفت‌های سیستانی و نیز حملات برخی رهبران احزاب مذهبی به مواضع وی، تصویب کرد.
چنین به نظر می‌رسد که احزاب مذهبی سعی دارند حمایت خود را از سیستانی پس از اینکه از وی برای کسب قدرت استفاده کردند، متوقف کنند. همچنین، چنین به نظر می‌رسد که ائتلاف‌های سیاسی جدیدی وجود دارد، که بر اثر آنها حزب دعوة اسلامی، مهمترین عضو ائتلاف دولت قانون، بدین نتیجه رسیده که دیگر نمی‌تواند به مانند گذشته حمایت نیروهای عمده شیعی را کسب کند. بنابراین گرایشی به سوی جناح‌های کوچکتر و جناح‌هایی وجود دارد که از جناح‌های بزرگتری که به ایدئولوژی‌های "شوونیستی" شیعی وفادار هستند، جدا شده‌اند، به مانند حزب فضیلت، حزب پشتیبان قانون اختیارات شخصی جعفر؛ اصحاب الحق، گروه رادیکال که از جریان صدر جدا شده‌اند؛ و سازمان بدر که به صورت مستقیم تحت پشتیبانی ایران قرار دارد.
بنابراین چنین به نظر می‌رسد که سیستانی احساس می‌کند با حمایت از احزاب اسلامی دچار اشتباه شده است و اکنون سعی دارد با فاصله گرفتن از "سیاست‌های کثیف" و نیز اصلاح مسیر سیاسی در کشو بدون درگیر شدن در حمایت از یک گروه ویژه که ممکن است خطاهای اسلاف خود را تکرار کنند، استقلال نهاد مذهب راحفظ کند.
ناظرین مواضع سیستانی در 10 سال گذشته شاید بدین نتیجه برسند که وی نقشی منحصر بفرد در تاریخ روابط سیاسی-مذهبی ایفا کرده است. وی نقش اجتماعی خود، که در جامعه عراق نقشی اقتدارآمیز است، را با تأثیر گذاشتن در پایگاه مردمی‌اش و نیز هدایت آن برای اتخاذ تصمیمات درست، ایفاء می‌کند. اما وی در همین حین، سعی دارد تا از دخالت مستقیم یا غیرمستقیم در سیستم سیاسی کشور، اجتناب ورزد.