وی با بیان این‌که «وقتی افراط دو ویژگی را پیدا کرد خطرناک می‌شود» در این‌باره توضیح داد: یکی آن‌که گروهی باشد و یکی آن‌که دینی باشد. وقتی افراط گروهی می‌شود خطرناک‌تر است؛ اگر این حرکت رنگ دینی پیدا کند متاسفانه ماندگار می‌شود. گروه‌های افراطی در مقطعی تولید خطر می‌کنند ولی دیر یا زود به عنوان یک اتفاق تاریخی ثبت می‌شوند و از بین می‌روند اما آن‌جا که رنگ دینی پیدا می‌کند ماندگارتر می‌شود و چون یک حرکت بنیادی و تردید ایده است، باقی می‌ماند . خطر بازتولید خشونت‌های دینی و بازگشت جنگ‌های دینی و مذهبی کابوسی است که جهان را تهدید می‌کند.
وی تصریح کرد: جنگ‌های صلیبی نمونه‌ای از جنگ‌های دینی است. همه مذاهب و ادیان بدون استثناء سابقه گروه‌های تکفیری را داشته‌اند هیچ مذهبی نمی‌تواند خود را از گروه‌های تکفیری مبرا بداند. حالا امروز دنیای اسلام درگیر است. در این خصوص باید چاره‌ای بیاندیشیم. پیدایش تفکر تکفیری در دنیای اسلام برای اولین بار در زمان کوتاه حکومت امام علی(ع) و از میان سربازان او شروع شد این گروه بعدها خوارج نامیده شد. یک جریان تندرو که با حکومت‌های دیگر هم درگیر شد.
مشاور رئیس‌جمهور در امور اقوام و مذاهب با بیان این‌که «شاخصه‌های عملی و نظری برای مبارزه با گروه‌های تکفیری وجوددارد» گفت: بر طبق اسلام راهکارهای نظری و عملی برای مبارزه با این تفکر وجوددارد. شاخصه‌های نظری برای مقابله با بی‌اعتدالی افراط و تفریط هست که از همان آغاز بعثت پیامبر (ص) قرآن بر این شاخصه‌ها تاکید داشت. اولین‌اش عقل وعقلانیت است که معیارش حق و باطل قرار دارد همه چیز بر اساس عقل است. اصول دین هم گفته‌اند باید بر اساس عقل باشد.
وی افزود: ویژگی بعدی علم است که از آغاز بعثت به آن تائید شده است. عدالت سومین ویژگی است که مهمترین آنها به حساب می‌آید، از نظر شهید مطهری عدل مهمترین ملاک دین است، یعنی هرچه را که به دین نسبت می‌دهیم باید با عدل بسنجیم.
وی گفت: این بخش نظری اسلام برای جلوگیری از افراط و تفریط است. شاخص یا شاخصه‌های عملی برای جلوگیری از تفسیر شاخصه‌های عملی است . این شاخصه‌ها را در حدیث‌های متواتر دیده‌ایم همه جهان مرجعیت دینی اهل بیت(ع) را برای مسلمین می‌پذیرند. اهل بیت(ع) همان الگوی شاخص عملی است.
یونسی یادآور شد: اسلام ما اجازه نمی‌دهد که حتی با دشمنان‌مان از اعتدال ، عدالت ،عقل و علم خارج شویم به قول حضرت حافظ آسایش دو گیتی تفسیر این دو حرف است با دوستان مروت با دشمنان مدارا . در مورد دشمنان هم باید عدالت داشته باشیم. نحوه رفتار ما با کفار و دشمنان نشان می‌دهد که ما تقوا داریم یا نه. خدا ما را شهید راه اعتدال قرار دهد.