براین اساس تبصره الحاقی لایحه 13 به ماده واحده اصلاح شد و مطابق با این اصلاحیه، مقرر شد که در سال 93 نام کارفرمایان کارگاه‌های پنج نفره، مشمول تامین اجتماعی در فهرست بیمه شدگان کارگاه‌های مذکور درج و نرخ حق بیمه آنان همانند سایر بیمه شدگان همان کارگاه باشد.
نمایندگان در ادامه تبصره الحاقی 17 به ماده واحده را حذف کردند. این تبصره کلیه بانک‌ها و موسسات مالی و اعتباری را موظف کرد در گشایش اعتبار اسنادی (LC) مواد اولیه و کالاهای سرمایه‌ای واسطه‌ای 30 درصد به صورت نقد و مابقی را پس از حمل کالا و تحویل اسناد دریافت کنند که این تبصره برای تامین نظر شورای نگهبان حذف گردید.
یکی دیگر از موارد مورد بررسی مجلس تبصره الحاقی 20 بود که این تبصره دریافت، پرداخت یا الزام تادیه هرگونه وجهی را برخلاف قوانین موضوعه در حکم تصرف غیرقانونی در اموال عمومی معطوف می‌کرد و محاکم قضایی، دیوان محاسبات کشور و سازمان بازرسی کل کشور را موظف به رسیدگی به این تخلفات می‌نمود که نمایندگان جهت تامین نظر شورای نگهبان این تبصره الحاقی را حذف کردند.
در ادامه تبصره الحاقی 27 به ماده واحده نیز اصلاح شد. مطابق این اصلاحیه به نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران اجازه داده می‌شود نسبت به صدور و تعویق گواهینامه‌های عادی به هوشمند اقدام و به ازای هرکارت 150 هزار ریال دریافت کند. درآمد حاصله به حساب ردیف درآمدی از جدول شماره 5 این قانون واریز و معادل وجوه واریزی از محل اعتبار ردیفی در جدول شماره 9 این قانون در اختیار نیروی انتظامی قرار خواهد گرفت تا بابت هزینه صدور گواهینامه رانندگی هوشمند، توسعه و تجهیز مراکز صدور گواهینامه رانندگی و تقویت نیروی انتظامی به مصرف برسد.
یکی دیگر از موارد اصلاحی مربوط به تبصره الحاقی 28 بود که این تبصره نیز جهت تامین نظر شورای نگهبان حذف شد. تبصره الحاقی 28 ناظر بر این موضوع بود که درآمد حاصل از مزایده فروش گازهای تولیدی همراه نفت از کلیه میادین نفتی ایران بر مبنای قیمت پایه یک سوم قیمت گاز طبیعی تسویه شده تحویلی به صنایع صرف طرح‌های حفاظت محیط زیست و شرکت‌های تابعه شود.
نمایندگان همچنین یک تبصره را به ماده واحده برای تامین نظر شورای نگهبان و ایرادات مربوط به مغایرت با اصل 52 قانون اساسی الحاق کردند و در آن مقرر نمودند که کلیه احاکم مندرج در این قانون صرفا در سال 1393 مجری است.
یکی دیگر از موارد اصلاحی، این بود که بودجه مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در طول سال 93 که به تصویب هیات وزیران می‌رسد، مورد نظارت معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رییس جمهور قرار گیرد که پیش از این در تبصره الحاقی آمده بود که این تبصره به تصویب شورای عالی مناطق آزاد می‌رسد.
همچنین نمایندگان برخی از موارد لایحه بودجه را جهت تامین نظر شورای نگهبان اصلاح عبارتی کردند.