ایشان در بخش دیگری از رهنمودهای خود با اشاره به لزوم حفظ استقلال حوزه افزودند: یکی از نکات مهم این است که در تمامی برنامه‌ها، استقلالی که حوزه داشته و دارد حفظ شود و اگر کسی در این مسیر خدمتی بکند، ما هم از آنها حمایت می‌کنیم.
این مرجع تقلید اهتمام به حفظ مسیر سلف حوزه را لازمه کار در مسیر پیشرفت دانسته و گفتند: باید به دنبال حوزه با همان کیفیتی که علمای بزرگ ما بر آن بودند باشیم و طوری نشود که مسیر و راهمان تغییر کند، بافت قدیمی حوزه‌ها باید محفوظ بماند و روش و سیره علمای بزرگوار، الگو و روش و سیره ما باشد.
آیت الله صافی گلپایگانی یکی از نشانه‌های استقلال در حوزه‌ها را حضور کشورها و ملیت‌های مختلف در آن دانسته و اضافه کردند: در حوزه و مرجعیت، ملّیّت و مملکت خاصی مطرح نیست. حوزه از قدیم این طور نبوده که فقط ایرانی یا عرب باشند، بلکه از کشورهای مختلف مانند ایران، عراق، افغانستان و ... مجتهد و مرجع تقلید داشته‌اند و دارند؛ و اکنون هم باید مراقب بود از کارها و برنامه‌هایی که به استقلال در حوزه ضربه می‌زند جلوگیری شود.
ایشان با اشاره به این‌که «صاحب اصلی حوزه‌ها حضرت ولی عصر(عج) هستند» گفت: در تمام اهداف و سیاست‌هایی که برای فعالیت‌ها در نظر می‌گیرید، رضایت و خشنودی وجود مبارک حضرت ولی عصر(عج) را در نظر بگیرید و برای خاطر مبارک ایشان گام بردارید.
مرجع تقلید شیعیان در پایان این دیدار اظهار کردند: من هم نسبت به آقایان محترم اعتماد دارم و مورد تأیید است و از خداوند متعال توفیق خدمت به دین و حوزه‌های علمیه را برای شما مسئلت می‌نمایم.