دستگاه قضایی عربستان طی جلسه دادگاه پیشین شیخ نمر النمر او را برای مشارکت در این جلسه حاضر نکرده بود و این امر باعث بروز نگرانی‌هایی میان فعالان حقوق بشری این کشور شد.
دادستان کل عربستان در 25 ماه مارس گذشته خواستار اجرای حکم حد محاربه در حق آیت الله شیخ نمر النمر به اتهامات باطلی همچون شعله‌ور کردن فتنه مذهبی، دیدار با افراد تحت پیگرد، تشویق به قتل شهروندان و نیروهای امنیتی و تخریب مساجد طی خطبه‌های نماز جمعه، شد.
سازمان حقوق بشر نیز درخواست اعدام شیخ نمر از سوی دادستانی کل عربستان را خطرناک اعلام کرده و تاکید داشته است که اعدام‌ها در عربستان مغایر با ارزش‌ها و قوانین بین المللی هستند.
شیخ نمر برای اولین بار در سال 2006 در بازگشت از بحرین و به‌دلیل مشارکت در همایش بین‌المللی قرآن کریم از سوی نیروهای امنیتی رژیم سعودی بازداشت شد.
مقامات عربستانی اعلام کرده بودند که النمر از حکومت عربستان خواسته است که به وضعیت "قبرستان بقیع" رسیدگی کرده، مذهب "تشیع" را به رسمیت شناخته و شیوه‌های آموزش و تدریس کنونی را تغییر داده یا لغو کند.
شیخ نمر النمر برای دومین بار در تاریخ 23 آگوست 2008 میلادی در شهر "القطیف" به‌اتهام تحریک شیعیان عربستانی برای جدایی از حکومت مرکزی به دست نیروهای امنیتی رژیم سعودی بازداشت شد.
نهم جولای سال 2012 میلادی بود که «شیخ نمر آل‌نمر»، روحانی برجسته شیعی پس از تعقیب و حمله مسلحانه نیروهای امنیتی رژیم سعودی به خودرویی که در آن قرار داشت و او را از به منزلش می‌برد، از ناحیه ران زخمی شد.
پس از دستگیری شیخ نمر اعتراضات مردمی زیادی در مناطق شرق عربستان انجام شد. شیعیان بلافاصله به خیابان‌ها ریختند و نیروهای امنیتی رژیم سعودی به‌شدت آنها را سرکوب کردند، به‌گونه‌ای که تنها در روز اول بازداشت سه نفر از معترضان کشته شدند.
با این حال اعتراض گروه‌های مختلف مخالف حکومت ادامه پیدا کرد و آنها به رژیم سعودی نسبت به هرگونه آزار و اذیت شیخ نمر هشدار دادند.